Genetic structure, demographic history and taxonomic status of the malaria vectors: «anopheles albimanus, An. darlingi and An. punctimacula,» in southern Central America
Bibliographic record
Abstract
Little research has been undertaken on malaria vectors in southern Central America, particularly in Panama, where a serious outbreak took place from 2001 to 2005.Here, I have confirmed the presence of fourteen Anopheles species, seven of which have the potential to transmit malaria in Panama.In addition, I collected An. darlingi for the first time in Panama, Darien, near the Colombian border.Sequence comparisons using the white gene confirmed the presence of the northern genotype, and a demographic analysis using the mtDNA COI gene indicated that An. darlingi has not been recently introduced from Colombia into eastern Panama.Three independent molecular markers (mtDNA COI, nDNA white, rDNA ITS2) supported the status of a single species of An. albimanus, and uncovered significant population structure across Nicaragua, Costa Rica, Panama, Colombia and Ecuador.The genetic structure of An. albimanus appears to be related to Pleistocene contraction, geographic fragmentation and subsequent expansion.Therefore, An. albimanus is not at mutation -drift equilibrium regionally.This pattern of population expansion is similar to the one depicted for An.darlingi in Amazonia South America.Phylogenetic analyses using the COI and the ITS2 markers detected lineage divergence in An. punctimacula s.l.Seven clades were well supported and clearly differentiated from An. malefactor.In contrast, the Folmer COI region did not support this divergence, perhaps due to the unequal mutation rate across the COI gene.My findings have provided a more complete figure of the population history and taxonomic status of three important malaria vectors; this information will be valuable to better understand the Resume Peu de recherches ont été effectuées sur les vecteurs de la malaria dans le sud de l'Amérique centrale, en particulier au Panama, où pourtant plusieurs épidémies ont eu lieu de 2001 à 2005.Dans cette présente étude, quatorze espèces d'Anopheles ont été inventoriés, dont sept qui ont le potentiel de transmettre la malaria au Panama.De plus, An. darlingi a été recueilli pour la première fois dans la région de Darien au Panama, près de la frontière colombienne.La comparaison des séquences du gène blanc a révélé la présence du génotype du nord, et l'analyse démographique utilisant le gène COI mtDNA a indiqué que la présence d'An.darlingi, à l'est du Panama, ne serait pas l'origine d'une migration récente en provenance de la Colombie.Trois marqueurs moléculaires indépendants (mtDNA COI, nDNA blanc, rDNA ITS2) supportent l'état d'une seule espèce d'An.albimanus, mais tout en ayant des distinctions significatifs entre les populations du Nicaragua, Costa Rica, Panama, Colombie et l'Équateur.La structure génétique d'An.albimanus semble être liée à la contraction du Pléistocène, à la fragmentation géographique et aux expansions ultérieures.Par conséquent, An. albimanus n'est pas en mutation -drift equilibrium regionally.Le modèle d'expansion de la population d'An.albimanus est semblable à celui représenté pour An. darlingi de l'Amazonie en Amérique du sud.L'analyse phylogénétique utilisant les marqueurs COI et ITS2 a détecté des lignées divergentes pour An. punctimacula s.l.Sept groupes ont bien été supportés et différenciées d'An.malefactor.Cependant, la région de Folmer COI ne support pas cette divergence, peut-être en raison d'un taux de mutation variable du gène iv COI.Cette étude établi un meilleur portrait de l'histoire des populations et du statut taxonomique de trois importants vecteurs de la malaria.Cette précieuse information sera utile pour mieux comprendre l'épidémiologie de la malaria sur le territoire néo-tropical.De plus, cela contribuera à la conception future de stratégies efficaces pour le contrôle des vecteurs.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".