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Enregistrement W7010406568

Inelastic light scattering studies of biological
\nmacromolecular solutions and virus crystals

2024· dissertation· en· W7010406568 sur OpenAlexaff

Notice bibliographique

RevueMemorial University Research Repository (Memorial University) · 2024
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChemical and Physical Studies
Établissements canadiensMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLight scatteringMacromoleculeFicollMacromolecular crowdingAqueous solutionRelaxation (psychology)Dynamic light scatteringBrillouin zoneRadius of gyration
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this study, Brillouin light scattering is used as a tool to explore the elastic and \nviscoelastic properties of different macromolecular systems. Specifically, we explore \ntwo common macromolecular systems: aqueous solutions and crystals. By performing \nexperiments on these different systems, we are able to explore the evolution of the \nproperties of interest in three distinct regimes. By performing experiments on aqueous \nsolutions, we are able to explore the dilute regime, wherein solute molecules may be \ntreated as non-interacting particles, and the semi-dilute regime, where intermolecular \ninteractions cannot be neglected. Finally, performing experiments on macromolecular \ncrystals allows us to observe the elastic properties of macromolecules in the solid state. \nThe effects of macromolecular crowding have been extensively studied by various \nexperimental techniques. Such works have demonstrated a significant amount of \nbinding of solvent to the hydration shells of such crowders, drastically reducing the \navailable free volume. In this work, Brillouin light scattering experiments were performed \non aqueous solutions of Ficoll 70 and Ficoll 400 with concentrations ranging \nfrom 1 wt% to 35 wt% and Bovine Serum Albumin with concentrations of 1 wt% \nto 27 wt%. By examining the evolution of longitudinal Brillouin peak parameters \nwith solute concentration, we calculated viscoelastic properties, including hypersound \nvelocity, adiabatic bulk modulus and compressibility, apparent viscosity, and hypersound \nattenuation. Existing theory could only capture trends in this evolution up \nto a threshold concentration due to the neglect of intermolecular interactions. As \nsuch, the addition of a quadratic term was incorporated to account for intermolecular \ninteractions between solute molecules. In Ficoll solutions, evidence of a central mode, \nwhich is due to relaxation of solvent in the polymer hydration shell, was observed. \nIn recent years, there has been a growing amount of interest in exploration of the \nelastic properties of crystalline macromolecular structures. Such properties of virus \ncrystals, however, are still hardly known. In the present work, crystals of satellite \ntobacco mosaic virus were grown using hang drop vapour diffusion techniques. Crystal \nclusters grown were subsequently used in Brillouin light scattering experiments. \nPeaks in Brillouin spectra were determined to be due to longitudinal bulk modes, \nand the parameters of these peaks were used to approximate hypersound velocity and \nattenuation within the crystals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,285
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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