Mapping chromatin contacts in the human MYB locus
Notice bibliographique
Résumé
The MYB gene encodes for a transcription factor that has an important role in regulating normal hematopoietic proliferation and differentiation.Aberrant expression of this gene is strongly associated with leukemogenesis in humans.To better understand how this gene is regulated in leukemia, we studied the chromatin organization of the gene locus in the human acute myeloid leukemia cell line THP-1, and, in human embryona carcinoma cell line NT2D1.We observed a similar chromatin contact pattern between CTCF binding regions previously identified in mouse.Interestingly, the upstream region from the MYB gene forms a strong chromatin contact to its gene body rather than the promoter.In this upstream region, MLL binding is observed.Knockdown of MLL protein caused the repression of MYB gene expression and reduction of H3K4me1 marks surrounding the MYB gene locus.Our data suggest that the MLL protein is amongst the factors maintaining high-level MYB gene expression and its epigenetics states via chromatin organization.Based on our data, we propose that cancer cells mediate chromatin contacts around the MYB gene locus leading to its dysregulation.We observe no change in chromatin organization after induced cell differentiation despite the downregulation of MYB gene.For MLL associated leukemogenesis, our data brings new insight to the regulation of abnormal gene expression based on the context of chromatin organization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».