Nuclear exclusion of AID limits off target activity by enforcing productive targeting
Notice bibliographique
Résumé
Activation induced deaminase (AID) is an enzyme that deaminates deoxycitidine to deoxyuridine on single stranded DNA.AID expression is mostly restricted to antigen activated B-lymphocytes, wherein its activity is critical for both somatic hypermutation (SHM) and class-switch recombination (CSR), which underpin secondary antibody diversification.This is due to the targeted activity of AID at the immunoglobulin (Ig) genes, which encode for the antibody genes.DNA deamination catalyzed by AID initiates the generation of single point mutations for SHM, and double stranded breaks for CSR, both potentially harmful lesions.Importantly, multiple mechanisms regulate AID in order to limit its off-target activity, outside the Ig loci, which has been found to be potentially oncogenic and cytotoxic.For my thesis, I used structure-function studies of AID in order to better understand post-translational regulation of its activity.In a first chapter, evolutionary comparison and structure-function analyses revealed that a structural conformation of a C-terminal domain of AID was required for its association to eEF1A1, which mediated the retention of AID in the cytoplasm.Mutations that disrupted AID cytoplasmic retention, or pharmacological inhibition of eEF1A1, caused AID to accumulate in the nucleus and to generate more mutations on-and off-target.This demonstrated that eEF1A1-dependent retention of AID in the cytoplasm was necessary to restrict its activity.In a second chapter, a structure-function study of AID identified a domain dispensable for its catalytic activity, but critical for SHM and CSR activity in B cells.iii Mutants of this domain were able to functionally distinguish the recruitment of AID to the chromatin from its mutagenic activity in B cells.This revealed that at the chromatin AID requires a licensing step in order to associate with the elongating transcription machinery, and become mutagenic.Interestingly, this licensing is bypassed when AID is forced to accumulate in the nucleus.In a third chapter, studies of the C-terminal region of AID further clarified its role during CSR.This study identified a structural requirement of the C-terminus during CSR, downstream from DNA deamination.This study supports a role for AID, via the Cterminus, to recruit other factors during CSR, likely to mediate proper DNA repair.All together, these studies highlight the intricate regulation of AID activity in B cells.They also suggest that preventing accumulation of AID in the nucleus limits offtarget activity by enforcing a regulatory licensing step at the chromatin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».