Le biocontrôle de la sclérotiniose par des Pseudomonas spp. phytobénéfiques chez la laitue
Notice bibliographique
Résumé
Le champignon pathogène Sclerotinia sclerotiorum s’attaque à une grande variété d’hôtes, dont la laitue. Cette grande variété d’hôtes limite les méthodes de contrôle et de répression du champignon et donc engendre de grandes pertes économiques chaque année en affectant le rendement et la qualité des plantes agricoles. L'utilisation de fongicides synthétiques pour lutter contre cet agent pathogène devient moins efficace en raison du développement de la résistance de S. sclerotiorum, et c’est pourquoi des méthodes de lutte biologiques plus respectueuses de l’environnement sont recherchées. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire s’intéressent à l’utilisation d’agents de biocontrôle, tels que des Pseudomonas spp. phytobénéfiques, pour lutter contre l’infection de la sclérotiniose chez la laitue. Les Pseudomonas spp. ont plusieurs traits qui les rendent performants en tant qu’agents de biocontrôle, tels que la production d’une multitude de métabolites bioactifs comme des antibiotiques et des lipopeptides. Dans ce projet, nous avons donc sélectionné et caractérisé des souches de Pseudomonas spp. capables d’inhiber la croissance du champignon S. sclerotiorum in vitro (objectif 1), validé leur capacité à inhiber le dévelopement de la scérotiniose en conditions in planta, et identifié des gènes ou groupe de gènes potentiellement impliqués dans le biocontrôle observé (objectif 2). Le premier objectif a permis à d’isoler des souches de Pseudomonas spp. prélevées de champs agricoles sous régie biologique situées dans la région de la Montérégie (Québec, Canada). Ces souches ont ensuite été caractérisées, ce qui a permis de construire une phylogénie grâce au séquençage des génomes des souches les plus performantes. Neuf souches de Pseudomonas spp.ont démontré une forte inhibition in vitro dans des essais de confrontation en double culture. Le séquençage du génome entier de ces souches a révélé leur affiliation à quatre sous-groupes phylogénétiques, à savoir P. corrugata, P. asplenii, P. mandelii et P. protegens. x Le deuxième objectif visait une démonstration de la capacité des neuf souches à contrôler la sclérotiniose de la laitue sur des feuilles de laitues détachées. Une réduction significative des symptômes de la maladie (p < 0,05) a été observée lorsque des feuilles de laitue ont été inoculées avec deux souches appartenant au sous-groupe P. corrugata et par une souche appartenant au sous-groupe P. asplenii. Ensuite, l’utilisation d’outils de génomique comparative avec les souches de Pseudomonas ayant démontré une inhibition et des souches de Pseudomonas non-antagonistes, a permis d’identifier des déterminants géniques potentiellement impliqués dans leur capacité de biocontrôle. Des gènes et groupes de gènes impliqués dans la production de lipopeptides de type mycine et peptine, et d'antibiotiques tels que la brabantamide, qui peuvent être potentiellement impliqués dans l'activité antagoniste contre S. sclerotiorum, ont été identifiés. Ces résultats ouvrent une voie de biocontrôle contre S. sclerotiorum par au moins trois souches de Pseudomonas spp. qui présentent une importante activité antagoniste in vitro et in planta. L'identification de gènes et groupes de gènes liés au biocontrôle dans ces souches qui sont potentiellement impliqués dans l'inhibition de S. sclerotiorum a reçu une attention particulière. L'utilisation d'approches de génétique inverse et de chimie analytique, ainsi que des expériences plus complexes sur des systèmes végétaux complets, représenteront les prochaines étapes vers une meilleure compréhension de la capacité de biocontrôle de ces souches, et ainsi, vers un moyen de contrôler la sclérotiniose de la laitue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».