Le biocontrôle de la sclérotiniose par des Pseudomonas spp. phytobénéfiques chez la laitue
Bibliographic record
Abstract
Le champignon pathogène Sclerotinia sclerotiorum s’attaque à une grande variété d’hôtes, dont la laitue. Cette grande variété d’hôtes limite les méthodes de contrôle et de répression du champignon et donc engendre de grandes pertes économiques chaque année en affectant le rendement et la qualité des plantes agricoles. L'utilisation de fongicides synthétiques pour lutter contre cet agent pathogène devient moins efficace en raison du développement de la résistance de S. sclerotiorum, et c’est pourquoi des méthodes de lutte biologiques plus respectueuses de l’environnement sont recherchées. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire s’intéressent à l’utilisation d’agents de biocontrôle, tels que des Pseudomonas spp. phytobénéfiques, pour lutter contre l’infection de la sclérotiniose chez la laitue. Les Pseudomonas spp. ont plusieurs traits qui les rendent performants en tant qu’agents de biocontrôle, tels que la production d’une multitude de métabolites bioactifs comme des antibiotiques et des lipopeptides. Dans ce projet, nous avons donc sélectionné et caractérisé des souches de Pseudomonas spp. capables d’inhiber la croissance du champignon S. sclerotiorum in vitro (objectif 1), validé leur capacité à inhiber le dévelopement de la scérotiniose en conditions in planta, et identifié des gènes ou groupe de gènes potentiellement impliqués dans le biocontrôle observé (objectif 2). Le premier objectif a permis à d’isoler des souches de Pseudomonas spp. prélevées de champs agricoles sous régie biologique situées dans la région de la Montérégie (Québec, Canada). Ces souches ont ensuite été caractérisées, ce qui a permis de construire une phylogénie grâce au séquençage des génomes des souches les plus performantes. Neuf souches de Pseudomonas spp.ont démontré une forte inhibition in vitro dans des essais de confrontation en double culture. Le séquençage du génome entier de ces souches a révélé leur affiliation à quatre sous-groupes phylogénétiques, à savoir P. corrugata, P. asplenii, P. mandelii et P. protegens. x Le deuxième objectif visait une démonstration de la capacité des neuf souches à contrôler la sclérotiniose de la laitue sur des feuilles de laitues détachées. Une réduction significative des symptômes de la maladie (p < 0,05) a été observée lorsque des feuilles de laitue ont été inoculées avec deux souches appartenant au sous-groupe P. corrugata et par une souche appartenant au sous-groupe P. asplenii. Ensuite, l’utilisation d’outils de génomique comparative avec les souches de Pseudomonas ayant démontré une inhibition et des souches de Pseudomonas non-antagonistes, a permis d’identifier des déterminants géniques potentiellement impliqués dans leur capacité de biocontrôle. Des gènes et groupes de gènes impliqués dans la production de lipopeptides de type mycine et peptine, et d'antibiotiques tels que la brabantamide, qui peuvent être potentiellement impliqués dans l'activité antagoniste contre S. sclerotiorum, ont été identifiés. Ces résultats ouvrent une voie de biocontrôle contre S. sclerotiorum par au moins trois souches de Pseudomonas spp. qui présentent une importante activité antagoniste in vitro et in planta. L'identification de gènes et groupes de gènes liés au biocontrôle dans ces souches qui sont potentiellement impliqués dans l'inhibition de S. sclerotiorum a reçu une attention particulière. L'utilisation d'approches de génétique inverse et de chimie analytique, ainsi que des expériences plus complexes sur des systèmes végétaux complets, représenteront les prochaines étapes vers une meilleure compréhension de la capacité de biocontrôle de ces souches, et ainsi, vers un moyen de contrôler la sclérotiniose de la laitue.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".