Jalostuksen ja maantieteen vaikutus koirarotujen erilaistumisessa geneettisiksi osapopulaatioiksi
Notice bibliographique
Résumé
Pro gradu -tutkielma Ympäristö-ja biotieteiden laitos 2019 ITÄ-SUOMEN YLIOPISTO Ympäristö-ja biotieteiden laitos LAMPI, SARA: Jalostuksen ja maantieteen vaikutus koirarotujen erilaistumisessa geneettisiksi osapopulaatioiksi Pro Gradu -tutkielma, 42 s., liitteitä 3 Tammikuu 2019Koirarotujen sisällä ilmenee jakautuneisuutta sisäisiksi osapopulaatioiksi maantieteelliseen sijaintiin ja rinnakkaisiin jalostuskriteereihin perustuen.Osapopulaatiojaolla on merkitystä jalostuksessa, mikäli jako on havaittavissa myös geneettisenä erilaistumisena näiden osapopulaatioiden välillä.Tällaisessa tilanteessa tietty osajoukko on geneettisesti yhdenmukainen keskenään, mutta poikkeaa kokonaan tai osittain muista osajoukoista.Geneettisen osapopulaation sisällä sukusiitoksen ongelmat voimistuvat ja niissä voi esiintyä spesifejä perinnöllisiä sairauksia.Geneettisen osapopulaatiojaon tunnistaminen on jalostuksen työkalu, jonka avulla turvataan perinnöllistä monimuotoisuutta ja voidaan jopa tuottaa terveempiä koirayksilöitä.Tässä tutkimuksessa selvitettiin, esiintyykö kuudella koirarodulla geneettistä osapopulaatiojakoa ja selittävätkö maantieteelliseen sijaintiin tai jalostuksellisiin valintatekijöihin liittyvät seikat mahdollista jakoa.Geneettisen osapopulaatiojaon selvittämiseksi analysointiin 1319 SNP-markkeria 142 belgianpaimenkoirasta, 104 englanninvinttikoirasta, 90 italianvinttikoirasta, 608 labradorinnoutajalta, 95 shetlanninlammaskoirasta ja 224 suomenlapinkoirasta.Havaittuja populaatiojakoja vertailtiin yksilötietoihin, jotka sisälsivät informaatiota yksilöiden alkuperästä, koskien muun muassa niiden käyttötarkoitusta, ulkomuotoa tai asuinmaata.Kaikilla tutkimusroduilla ilmeni jakautuneisuutta geneettisiksi osapopulaatioiksi.Maantieteellinen alkuperä selitti tätä jakautuneisuutta italianvinttikoiran ja shetlanninlammaskoiran kohdalla.Käyttötarkoitus oli puolestaan keskeinen selittävä tekijä englanninvinttikoiralla ja labradorinnoutajalla ja ulkomuotoon painottuneet valintatekijät belgianpaimenkoiralla ja suomenlapinkoiralla.Lisäksi viitteitä useammasta geneettistä populaatiojakoa aiheuttavasta tekijästä oli belgianpaimenkoiralla, englanninvinttikoiralla, italianvinttikoiralla ja labradorinnoutajalla. On todennäköistä, että kaikki tutkimusrodut hyötyisivät osapopulaatiojaon huomioinnista osana jalostuksen suunnittelua.Todisteet rotujen jakautuneisuudesta sisäisiksi geneettisiksi osapopulaatioiksi olivat vakuuttavia ja täten vastaavia selvityksiä olisi aiheellista toteuttaa myös muilla roduilla. UNIVERSITY OF EASTERN FINLAND Department of Environmental and Biological Sciences LAMPI, SARA: Differentiation to within-breed genetic subpopulations in purebred dog breeds based on geographical origins and divergent selection regimes MSc Thesis, 42 pp., Appendices 3 January 2019Purebred dogs can be fragmented into within-breed subpopulations based on their geographical location and divergent selection regimes.This stratification has significance for breeding, when the subpopulations are also genetically differentiated from each other.Problems of inbreeding, such as specific genetic disorders, can accumulate within the genetic subpopulations.Therefore, identifying the genetic subpopulations and their causes can help to conserve genetic diversity and health of a dog breed.In this study, six dog breeds were analysed for the occurrence of genetic differentiation to subpopulations.This differentiation was measured by performing a genome-wide survey of 1319 single nucleotide polymorphism (SNP) markers from 142 Belgian Shepherd, 104 English Greyhound, 224 Finnish Lapphund, 90 Italian Greyhound, 608 Labrador Retriever and 95 Shetland Sheepdog.In order to find a selection-related explanation to the genetic differentiation, I compared the observed subpopulations to the individual's data about their geographical origin or breeding line.I discovered that all the breeds studied are fragmented into genetic subpopulations.The geographical origin explained the findings of the Italian Greyhound and the Shetland Sheepdog.The selection for performance explained the genetic subpopulations in the English Greyhound and in the Labrador Retriever.The morphological selection was a plausible explanation in the Belgian Shepherd and in the Finnish Lapphund.Additionally, evidence of the overlapping explanations to the genetic subpopulation differentiation was found in the Belgian Shepherd, the English Greyhound, the Italian Greyhound and the Labrador Retriever.It is probable that all the breeds studied would benefit if the findings of the genetic subpopulations were considered in their breeding program.Evidence of the genetic subpopulations within the dog breeds was convincing and therefore similar surveys for other dog breeds are recommendable.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».