Jalostuksen ja maantieteen vaikutus koirarotujen erilaistumisessa geneettisiksi osapopulaatioiksi
Bibliographic record
Abstract
Pro gradu -tutkielma Ympäristö-ja biotieteiden laitos 2019 ITÄ-SUOMEN YLIOPISTO Ympäristö-ja biotieteiden laitos LAMPI, SARA: Jalostuksen ja maantieteen vaikutus koirarotujen erilaistumisessa geneettisiksi osapopulaatioiksi Pro Gradu -tutkielma, 42 s., liitteitä 3 Tammikuu 2019Koirarotujen sisällä ilmenee jakautuneisuutta sisäisiksi osapopulaatioiksi maantieteelliseen sijaintiin ja rinnakkaisiin jalostuskriteereihin perustuen.Osapopulaatiojaolla on merkitystä jalostuksessa, mikäli jako on havaittavissa myös geneettisenä erilaistumisena näiden osapopulaatioiden välillä.Tällaisessa tilanteessa tietty osajoukko on geneettisesti yhdenmukainen keskenään, mutta poikkeaa kokonaan tai osittain muista osajoukoista.Geneettisen osapopulaation sisällä sukusiitoksen ongelmat voimistuvat ja niissä voi esiintyä spesifejä perinnöllisiä sairauksia.Geneettisen osapopulaatiojaon tunnistaminen on jalostuksen työkalu, jonka avulla turvataan perinnöllistä monimuotoisuutta ja voidaan jopa tuottaa terveempiä koirayksilöitä.Tässä tutkimuksessa selvitettiin, esiintyykö kuudella koirarodulla geneettistä osapopulaatiojakoa ja selittävätkö maantieteelliseen sijaintiin tai jalostuksellisiin valintatekijöihin liittyvät seikat mahdollista jakoa.Geneettisen osapopulaatiojaon selvittämiseksi analysointiin 1319 SNP-markkeria 142 belgianpaimenkoirasta, 104 englanninvinttikoirasta, 90 italianvinttikoirasta, 608 labradorinnoutajalta, 95 shetlanninlammaskoirasta ja 224 suomenlapinkoirasta.Havaittuja populaatiojakoja vertailtiin yksilötietoihin, jotka sisälsivät informaatiota yksilöiden alkuperästä, koskien muun muassa niiden käyttötarkoitusta, ulkomuotoa tai asuinmaata.Kaikilla tutkimusroduilla ilmeni jakautuneisuutta geneettisiksi osapopulaatioiksi.Maantieteellinen alkuperä selitti tätä jakautuneisuutta italianvinttikoiran ja shetlanninlammaskoiran kohdalla.Käyttötarkoitus oli puolestaan keskeinen selittävä tekijä englanninvinttikoiralla ja labradorinnoutajalla ja ulkomuotoon painottuneet valintatekijät belgianpaimenkoiralla ja suomenlapinkoiralla.Lisäksi viitteitä useammasta geneettistä populaatiojakoa aiheuttavasta tekijästä oli belgianpaimenkoiralla, englanninvinttikoiralla, italianvinttikoiralla ja labradorinnoutajalla. On todennäköistä, että kaikki tutkimusrodut hyötyisivät osapopulaatiojaon huomioinnista osana jalostuksen suunnittelua.Todisteet rotujen jakautuneisuudesta sisäisiksi geneettisiksi osapopulaatioiksi olivat vakuuttavia ja täten vastaavia selvityksiä olisi aiheellista toteuttaa myös muilla roduilla. UNIVERSITY OF EASTERN FINLAND Department of Environmental and Biological Sciences LAMPI, SARA: Differentiation to within-breed genetic subpopulations in purebred dog breeds based on geographical origins and divergent selection regimes MSc Thesis, 42 pp., Appendices 3 January 2019Purebred dogs can be fragmented into within-breed subpopulations based on their geographical location and divergent selection regimes.This stratification has significance for breeding, when the subpopulations are also genetically differentiated from each other.Problems of inbreeding, such as specific genetic disorders, can accumulate within the genetic subpopulations.Therefore, identifying the genetic subpopulations and their causes can help to conserve genetic diversity and health of a dog breed.In this study, six dog breeds were analysed for the occurrence of genetic differentiation to subpopulations.This differentiation was measured by performing a genome-wide survey of 1319 single nucleotide polymorphism (SNP) markers from 142 Belgian Shepherd, 104 English Greyhound, 224 Finnish Lapphund, 90 Italian Greyhound, 608 Labrador Retriever and 95 Shetland Sheepdog.In order to find a selection-related explanation to the genetic differentiation, I compared the observed subpopulations to the individual's data about their geographical origin or breeding line.I discovered that all the breeds studied are fragmented into genetic subpopulations.The geographical origin explained the findings of the Italian Greyhound and the Shetland Sheepdog.The selection for performance explained the genetic subpopulations in the English Greyhound and in the Labrador Retriever.The morphological selection was a plausible explanation in the Belgian Shepherd and in the Finnish Lapphund.Additionally, evidence of the overlapping explanations to the genetic subpopulation differentiation was found in the Belgian Shepherd, the English Greyhound, the Italian Greyhound and the Labrador Retriever.It is probable that all the breeds studied would benefit if the findings of the genetic subpopulations were considered in their breeding program.Evidence of the genetic subpopulations within the dog breeds was convincing and therefore similar surveys for other dog breeds are recommendable.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.003 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.001 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.010 | 0.003 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".