LA RICOMBINAZIONE COME FONTE PRINCIPALE DI DIVERSITA GENETICA E PATOGENETICA NEI CEPPI DI GAS\nCON SIEROTIPO M89.
Notice bibliographique
Résumé
Con più di 150 sierotipi M Streptococcus pyogenes rappresenta uno dei patogeni umani più versatili.\nI ceppi con sierotipo M89 sono una delle cause più frequenti di faringiti ed infezioni invasive.\nStudi recenti indicano che la prevalenza di ceppi M89 sta aumentando in tutto il mondo.\nIn Italia, il 25% delle infezioni invasive da Streptococcus pyogenes tra il 1994 e il 1996 è stato causato dal sierotipo M89. Successivamente,\nla sua incidenza si è ridotta nel tempo fino ad essere responsabile solo di pochi casi tra il 2003 e il 2005.\nAttraverso uno studio di genomica comparativa abbiamo valutato la diversità genetica del sierotipo M89 e il suo contributo alla patogenesi\ndi Streptococcus pyogenes.\n27 ceppi M89 (Italia = 10, Canada = 1, New Zealand = 1, U.S.A. = 15) sono stati sequenziati mediante tecnologia Illumina. Sono stati\ndeterminati i genomi completi di un ceppo italiano e di un ceppo statunitense. L’identificazione di polimorfismi (SNPs) “genome-wide” ha\npoi permesso di analizzare la variabilità inter- e intra-specie.\nIl genoma del ceppo italiano 11610 (~ 1,70 Mb) è privo di profagi. I ceppi italiani differiscono tra di loro, in media, per circa 30 polimorfismi.\nIl genoma del ceppo statunitense MGAS11027 (~ 1,79 Mb) presenta due profagi codificanti fattori di virulenza. Gli isolati americani\ndifferiscono tra di loro, in media, per circa 500 SNPs. I ceppi italiani si differenziano da quelli statunitensi per circa 2000 polimorfismi. I\npolimorfismi a singolo nucleotide tra i ceppi M89 americani e gli SNPs che differenziano i ceppi statunitensi da quelli italiani non sono\ndistribuiti in modo casuale, ma sono raggruppati in clusters.\nI ceppi M89 presentano un numero di polimorfismi superiore a quello che caratterizza solitamente gli altri sierotipi di Streptococcus\npyogenes. La maggior parte degli SNPs è da attribuire ad eventi di ricombinazione che coinvolgono geni codificanti fattori di virulenza\ncome adesine di superficie, peptidi antimicrobici e proteine ad attività antifagocitaria. Questi risultati dimostrano che la ricombinazione\ngenetica contribuisce significativamente alla diversificazione della capacità patogenetica dei ceppi GAS con sierotipo M89.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».