LA RICOMBINAZIONE COME FONTE PRINCIPALE DI DIVERSITA GENETICA E PATOGENETICA NEI CEPPI DI GAS\nCON SIEROTIPO M89.
Bibliographic record
Abstract
Con più di 150 sierotipi M Streptococcus pyogenes rappresenta uno dei patogeni umani più versatili.\nI ceppi con sierotipo M89 sono una delle cause più frequenti di faringiti ed infezioni invasive.\nStudi recenti indicano che la prevalenza di ceppi M89 sta aumentando in tutto il mondo.\nIn Italia, il 25% delle infezioni invasive da Streptococcus pyogenes tra il 1994 e il 1996 è stato causato dal sierotipo M89. Successivamente,\nla sua incidenza si è ridotta nel tempo fino ad essere responsabile solo di pochi casi tra il 2003 e il 2005.\nAttraverso uno studio di genomica comparativa abbiamo valutato la diversità genetica del sierotipo M89 e il suo contributo alla patogenesi\ndi Streptococcus pyogenes.\n27 ceppi M89 (Italia = 10, Canada = 1, New Zealand = 1, U.S.A. = 15) sono stati sequenziati mediante tecnologia Illumina. Sono stati\ndeterminati i genomi completi di un ceppo italiano e di un ceppo statunitense. L’identificazione di polimorfismi (SNPs) “genome-wide” ha\npoi permesso di analizzare la variabilità inter- e intra-specie.\nIl genoma del ceppo italiano 11610 (~ 1,70 Mb) è privo di profagi. I ceppi italiani differiscono tra di loro, in media, per circa 30 polimorfismi.\nIl genoma del ceppo statunitense MGAS11027 (~ 1,79 Mb) presenta due profagi codificanti fattori di virulenza. Gli isolati americani\ndifferiscono tra di loro, in media, per circa 500 SNPs. I ceppi italiani si differenziano da quelli statunitensi per circa 2000 polimorfismi. I\npolimorfismi a singolo nucleotide tra i ceppi M89 americani e gli SNPs che differenziano i ceppi statunitensi da quelli italiani non sono\ndistribuiti in modo casuale, ma sono raggruppati in clusters.\nI ceppi M89 presentano un numero di polimorfismi superiore a quello che caratterizza solitamente gli altri sierotipi di Streptococcus\npyogenes. La maggior parte degli SNPs è da attribuire ad eventi di ricombinazione che coinvolgono geni codificanti fattori di virulenza\ncome adesine di superficie, peptidi antimicrobici e proteine ad attività antifagocitaria. Questi risultati dimostrano che la ricombinazione\ngenetica contribuisce significativamente alla diversificazione della capacità patogenetica dei ceppi GAS con sierotipo M89.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.006 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".