The role of innate polymorphisms in drug selected protease and reverse transcriptase mutations in HIV
Notice bibliographique
Résumé
This doctoral thesis includes four projects.The first project explored the role of innate HIV genetic polymorphisms in drug-selected mutations.By means of drug selection experiments, we comparatively evaluated emergent mutations in protease and reverse transcriptase in HIV-1 and HIV-2 subtypes.Genotypic and phenotypic analyses were used to determine time to appearance of resistance mutations and the levels of drug resistance, respectively.Natural polymorphisms in HIV-2 seemed to facilitate selection of protease inhibitor (PI) resistance: The acquisition of the I54M, I84V, L90M and L99F mutations resulted in multi-PI-resistant viruses.Nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI) combinations preferentially selected for the K65R mutation in HIV-1 subtype C, while in HIV-1 subtype B, and HIV-2 cultures favored the development of M184I.The K65R mutation was not detected in HIV-2 selections.These results underscore potential differences in emergent drug resistance pathways in HIV-1 and HIV-2 and the role that innate polymorphisms may have in dictating antiretroviral resistance pathways.In the second project, we studied the relationship between mutations in the RNase H domain on viral susceptibility to nucleoside analogues.Our results showed that although some mutations were observed in the connection domain, the presence of the L74V and M184V mutations was the most significant determinant of phenotypic resistance to ZDV in patients with thymidine analog-associated mutations.The third project performed a near full-length genomic analysis of a novel HIV-1 recombinant involving subtypes A1 and C in Quebec.The fourth project evaluated the genetic diversity of an HIV-1 isolate that was referred to us as a suspected case of superinfection.We evaluated this isolate"s sequences from different time points and determined that the sequence was a unique A1/C intersubtype recombinant at baseline and not a case of superinfection.We concluded that DEDICATION This Ph.D. thesis is dedicated to my dear wife Alechia Alemka and the kids Dylan and Ryan.Thank you all for being there throughout this work and for providing me
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».