Mining the Arabidopsis genome for cytochrome P450 biocatalysts \n
Notice bibliographique
Résumé
Cytochromes P450 (CYPs) constitute a wide group of NAD(P)H-dependent monooxygenases, found throughout all kingdoms of life. Among the most important functions of CYPs are the synthesis of bioactive compounds and the conversion of xenobiotics. These functions can be translated into biotechnological applications, such as the production of highly regio- and stereo-specific drug metabolites for the pharmaceutical industry, or to confer activity towards toxic compounds for agronomics and bioremediation purposes. \nPlants possess a large number of CYP sequences, but most still remain uncharacterised, due to the difficulty in the isolation of the membrane-bound enzyme and in the reconstitution of an active and efficient redox system. \nIn this project, a fusion construct for the co-expression of the CYP with a suitable reductase was created. The construct consisted of a C-terminal Arabidopsis ATR2 reductase (codon-optimised for expression in E. coli and truncated of the N-terminal membrane anchor) connected through a poly-GlySer linker to the heme domain. An N-terminal Im9 peptide replaced the natural membrane-binding domain of the CYP. When CYP73A5 from Arabidopsis was cloned into the construct, it was able to convert almost 60 % of the substrate cinnamic acid to the hydroxylated derivative, in whole cell assays. This result demonstrated that this expression platform enables the expression of active redox self-sufficient P450 catalysts and it can be further utilised for the characterisation of orphan CYPs. \nFollowing from gene expression studies and reports on the existence of oxidative derivatives of TNT, the potential involvement of CYP81D11 in the detoxification of TNT was explored with different in planta assays, employing transgenic Arabidopsis lines and tobacco leaf discs. The results obtained were contrasting and did not provide a clear picture on the role of CYP81D11. Further studies have to be carried out in the future, using CYP81D11-knockout lines, as well as the purified enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».