Proteomic Study Of The Ubiquitin E3 Ligase HUWE1 Interaction With Ubiquitin And ADP-Ribose Modified Proteins
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitination and ADP-ribosylation are important post-translational modifications (PTMs), especially in cellular response to DNA damage. HECT, UBA, and WWE domain containing E3 ubiquitin protein ligase 1 (HUWE1) is an important ubiquitin E3 ligase involved in many cellular processes. HUWE1 contains regions involved in substrate interaction and domains for PTM recognition. Specifically, HUWE1 WWE and tandem ubiquitin-binding motif (tUBM) domains interact with ADPr/iso-ADPr and ubiquitin, respectively. However, the interaction between these domains and cellular ADP-ribose and ubiquitin and potentially substrate interactions are not well investigated. Thus, this project aimed to investigate the interactome of HUWE1 WWE and tUBM domain, focusing on their ability to bind proteins modified by mono-ADP-ribose (MAR)/poly-ADP-ribose (PAR) and ubiquitin using GST pulldown assay. First, using Western blot and confocal microscopy, distinct dynamics of ubiquitination and ADP-ribosylation were observed in response to different DNA damage treatments. Second, the study demonstrated that the WWE-tUBM domain interacts with both cellular ADP-ribose and ubiquitin. Moreover, through a proteomic approach using affinity mass spectrometry, this study identified novel proteins that interact with the WWE and tUBM domains following Ultraviolet (UV) induced DNA damage. Together, the findings of this project contribute to a better understanding of how HUWE1 engages with its substrates and highlight the role of WWE and tUBM domains and their ability to recognize PTMs in mediating these interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».