Emergence and Molecular Characterization of NAP4 Clostridium difficile Healthcare-Associated Infections in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile is an important nosocomial pathogen and the leading cause of antibiotic-associated diarrhea. In the early 2000's, major outbreaks of C. difficile occurred in the Canada and the United States, both caused by the same strain, the North American Pulsed-Field type 1 (NAP1). Recently a steady rise in prevalence of a NAP4 strain was observed. This study utilized phenotypic and genotypic methods, including whole genome sequencing, to fully characterize and better understand the emergence of NAP4 in Canada. Through WGS it was revealed that an emerging NAP4 PFGE type (PFGE type 0033) has acquired a novel phage (phiCD505), which harbors transcriptional regulators and is inserted in close proximity to a GMP synthase gene. The role of these phage encoded transcriptional regulators on C. difficile virulence factors and/or disruption of normal expression of GMP synthase remain to be elucidated, but might be contributing to the emergence of this PFGE type.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».