Environmental Mycobacteria
Notice bibliographique
Résumé
Johne’s Disease is a debilitating chronic enteritis caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map), and has great economic impact on affected dairy farms.1, 2 \nInfection occurs in young calves, by exposure to manure from mature Map-shedding cattle. To reduce infection status on farms, prevention plans are in order, because no treatment is available for Johne’s Disease. Prevention plans for Johne’s disease rely on age-dependent susceptibility, with a cut-off at the age of six months. This cut-off is based on one paper from 1975, where only 9 animals were included in the experiment3. \nIn a clinical trial at the University of Calgary this age dependent susceptibility is being investigated with a larger number of animals: 34 male Holstein-Friesian calves are subject of a research to age- and dose dependent susceptibility to infection with Map. They will be infected with a virulent Map strain at 5 different ages (2 weeks, 3-6-9 and 12 months) with a high-(5 x 109 CFU) and a low inoculum dose (5 x 107 CFU).\nBesides this pathogenic mycobacterium, there are also environmental mycobacteria where young calves are exposed to. These mycobacteria can be found in a wide variety of environmental reservoirs, including natural and municipal water, soils, aerosols and protozoans.4 Because of ingestion and close contact with these reservoirs, environmental mycobacteria can also be found in animals and humans. \nEvidence exists for a cross-reaction in immunity between rapid growing environmental mycobacteria and other pathogenic mycobacterial species (tuberculosis and leprosy) in humans4. That’s why we are interested in the impact of environmental mycobacteria on the infection with Map in calves. \nThere are different protocols known for isolating mycobacteria from water, soil or milk5, 6, but there is none for isolating mycobacteria from faeces. \nThat was the aim of this study: to identify an appropriate protocol to isolate different mycobacteria from faeces. Mycobacterium smegmatis was used as a model for rapid growing mycobacteria. \nUnfortunately, no perfect protocol was found. An important conclusion of this research is that HPC (Hexadecyl Pyridinium Chloride), frequently used to isolate Map from faeces, is not appropriate to isolate environmental mycobacteria, because M. smegmatis does not survive concentrations higher than 0,1%, and other faecal bacteria do.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,022 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».