EKL-7 is a putative MPK-1 ERK target during C. «elegans» excretory duct cell fate specification
Notice bibliographique
Résumé
La Ras/Protèine Kinase Activée par des Mitogènes (MAPK) voie de signalisation régule beaucoup d'événements de développement, y compris la détermination du sort de la cellule de canal excréteur (EDC) et de son entretien.Un manque d'une EDC provoque une létalité de tige phénotypiquement distincte en raison d'une incapacité à excréter les déchets liquides.Le protéines d'échafaudage kinase suppresseur de Ras (KSR), KSR-1 et KSR-2, sont redondante nécessaire pour Ras/MAPK signalisation et la spécification de la EDC.ksr-1(2526) mutants nuls présentent un phénotype de type sauvage, mais ils sont sensibles à des mutations qui réduisent la signalisation Ras/ MAPK.Par la suite, un écran génétique identifiée vh20 comme un allèle candidat pour Y39G10AR.7,que j'ai appelé depuis ekl-7 comme un activateur de ksr-1 létalité (ekl).Les ekl-7(vh20); ksr-1(2526) doubles mutants ont une fréquence de létalité de tige de 35%.Le vh20 E422K mutation faux-sens perturbe un domaine chargé négativement C-terminale.EKL-7 est une protéine spécifique à Caenorhabditis.Mais, les alignements de protéines ont identifié un groupe de consensus sites de phosphorylation ERK (PX-S/T-P et S/T-P) et les sites d'accueil ERK (FXFP et D domaine) similaire à ceux trouvés dans LIN-1 et EOR-1, les substrats en aval de MPK-1 ERK.Je hypothèse que EKL-7 est un nouveau substrat en aval de MPK-1 ERK qui régule positivement le sort EDC ou son entretien.Pour caractériser la létalité de tige des mutants de ekl-7(vh20); ksr-1(n2526), j'ai généré des animaux portant une marque de la EDC et jonction apicale.Alors que les mutants ekl-7(vh20) sont essentiellement de type sauvage, les mutants ekl-7(vh20); ksr-1(n2526) ont les EDCs qui ne autofuse correctement dans une cellule toroïdal sans soudure en raison d'une panne d'exprimer aff-1, une protéine fusogène nécessaire pour autofusion.Ceci suggère que EKL-7 pourrait avoir un rôle spécifique dans EDC autofusion lors de sa spécification.Pour élucider la façon common ekl-7(vh20) fonctions au sein de la voie de signalisation Ras/MAPK, j'ai produit des doubles mutants avec lin-1 ou eor-1 parce que ces régulateurs de transcription fonctionnent en aval de MPK-1 ERK et ont démontré des effets synergiques lors de la spécification du sort EDC.J'ai observé que les deux mutants, ekl-7(vh20); lin-1(n2515) et ekl-7(vh20); eor-1(cs28) démontrent améliorée létalité en forme de tige, ce qui suggère que EKL-7 fonctionne en parallèle à LIN-1 et EOR-1.En plus, ekl-7(vh20); lin-1(n2515) et ekl-7(vh20); eor-1(cs28) mutants montrent divers défauts dans leurs systèmes excréteurs.La capacité de la voie Ras/MAPK pour réguler de nombreux processus de développement dépend probablement à la suite de substrats en aval de MPK-1 ERK qui sont disponibles dans un type de cellule spécifique.EKL-7 pourrait être une spécificité de facteur important qui fonctionne en coordination avec LIN-1 et EOR-1 pour réguler positivement le sort EDC et de son entretien, par opposition à la promotion d'autres processus cellulaires régulés par de signalisation Ras/MAPK.viii
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».