EKL-7 is a putative MPK-1 ERK target during C. «elegans» excretory duct cell fate specification
Bibliographic record
Abstract
La Ras/Protèine Kinase Activée par des Mitogènes (MAPK) voie de signalisation régule beaucoup d'événements de développement, y compris la détermination du sort de la cellule de canal excréteur (EDC) et de son entretien.Un manque d'une EDC provoque une létalité de tige phénotypiquement distincte en raison d'une incapacité à excréter les déchets liquides.Le protéines d'échafaudage kinase suppresseur de Ras (KSR), KSR-1 et KSR-2, sont redondante nécessaire pour Ras/MAPK signalisation et la spécification de la EDC.ksr-1(2526) mutants nuls présentent un phénotype de type sauvage, mais ils sont sensibles à des mutations qui réduisent la signalisation Ras/ MAPK.Par la suite, un écran génétique identifiée vh20 comme un allèle candidat pour Y39G10AR.7,que j'ai appelé depuis ekl-7 comme un activateur de ksr-1 létalité (ekl).Les ekl-7(vh20); ksr-1(2526) doubles mutants ont une fréquence de létalité de tige de 35%.Le vh20 E422K mutation faux-sens perturbe un domaine chargé négativement C-terminale.EKL-7 est une protéine spécifique à Caenorhabditis.Mais, les alignements de protéines ont identifié un groupe de consensus sites de phosphorylation ERK (PX-S/T-P et S/T-P) et les sites d'accueil ERK (FXFP et D domaine) similaire à ceux trouvés dans LIN-1 et EOR-1, les substrats en aval de MPK-1 ERK.Je hypothèse que EKL-7 est un nouveau substrat en aval de MPK-1 ERK qui régule positivement le sort EDC ou son entretien.Pour caractériser la létalité de tige des mutants de ekl-7(vh20); ksr-1(n2526), j'ai généré des animaux portant une marque de la EDC et jonction apicale.Alors que les mutants ekl-7(vh20) sont essentiellement de type sauvage, les mutants ekl-7(vh20); ksr-1(n2526) ont les EDCs qui ne autofuse correctement dans une cellule toroïdal sans soudure en raison d'une panne d'exprimer aff-1, une protéine fusogène nécessaire pour autofusion.Ceci suggère que EKL-7 pourrait avoir un rôle spécifique dans EDC autofusion lors de sa spécification.Pour élucider la façon common ekl-7(vh20) fonctions au sein de la voie de signalisation Ras/MAPK, j'ai produit des doubles mutants avec lin-1 ou eor-1 parce que ces régulateurs de transcription fonctionnent en aval de MPK-1 ERK et ont démontré des effets synergiques lors de la spécification du sort EDC.J'ai observé que les deux mutants, ekl-7(vh20); lin-1(n2515) et ekl-7(vh20); eor-1(cs28) démontrent améliorée létalité en forme de tige, ce qui suggère que EKL-7 fonctionne en parallèle à LIN-1 et EOR-1.En plus, ekl-7(vh20); lin-1(n2515) et ekl-7(vh20); eor-1(cs28) mutants montrent divers défauts dans leurs systèmes excréteurs.La capacité de la voie Ras/MAPK pour réguler de nombreux processus de développement dépend probablement à la suite de substrats en aval de MPK-1 ERK qui sont disponibles dans un type de cellule spécifique.EKL-7 pourrait être une spécificité de facteur important qui fonctionne en coordination avec LIN-1 et EOR-1 pour réguler positivement le sort EDC et de son entretien, par opposition à la promotion d'autres processus cellulaires régulés par de signalisation Ras/MAPK.viii
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.004 | 0.002 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".