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Enregistrement W7042797580

Protein stability characterization of the D390N mutant variant of Human Erythrocyte Pyruvate Kinase

2016· dissertation· en· W7042797580 sur OpenAlexaff

Notice bibliographique

RevueeScholarship@McGill (McGill) · 2016
Typedissertation
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueErythrocyte Function and Pathophysiology
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPyruvate kinasePyruvate kinase deficiencyPKM2MutantGlycolysisPyruvate dehydrogenase kinasePyruvate dehydrogenase complexPyruvate carboxylaseMutationDihydrolipoyl transacetylase
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pyruvate kinase is the enzyme that performs the last, irreversible, rate-limiting reaction to the glycolytic metabolic pathway.Its regulation is critical for the metabolism of the cell.Erythrocytes lack mitochondria for oxidative respiration and thus their sole means of obtaining energy is through glycolysis.The pyruvate kinase isoform found in erythrocytes, designated PK-R and coded by the PKLR gene is responsible for 50% of the ATP production in this cell type.Red cell pyruvate kinase deficiency (PKD) is the most common glycolytic defect causing congenital non-spherocytic hemolytic anemia.The deficiency is caused by mutant variants of the PKLR gene that generate mutant proteins that affect the characteristics of the enzyme.To this date over 200 mutations have been implicated in the disease that cause a range of symptoms from mild anemia to severe transfusion dependent anemia and neonatal death.One such variant of the enzyme is the G1168A point mutation that causes the amino acid D390N substitution.This mutant has already been established to inactivate the enzyme activity.We hypothesized that observing the aspartate residue substituted for an asparagine in a solvent inaccessible location at the A/A' interdomain interface of the protein would disrupt a salt bridge formation and lead to steric clashes that would ultimately lead to a weaker intersubunit interaction and thus render a less stable protein.We completed two different protein stability assays: a cycloheximide assay and S-35 labelling pulse-chase to assess the stability of the mutant relative to the wild-type.We conclude that this mutation has no effect on the stability of the enzyme. RsumLa pyruvate kinase est l'enzyme catalysant l'irrversible et dernire raction limitante du mtabolisme du glucose.Sa rgulation est d'une importance cruciale pour le mtabolisme cellulaire.Les rythrocytes ne possdent pas de mitochondries leur permettant de raliser la respiration oxydative et sont donc limit l'usage de la glycolyse pour gnrer leur nergie.L'isoforme de pyruvate kinase trouve dans les rythrocytes, nomm PK-R et encode par le gne PKLR, est ainsi responsable de la production de 50% de l'ATP gnr par ces cellules.La dficience d'expression de la pyruvate kinase dans les globules rouge est le dfaut glycolytique le plus souvent responsable de l'anmie hmolytique non-sphroide congnitale.Cette dficience est due une mutation dans le gne PKLR qui aboutit la production d'une enzyme non fonctionnelle.A ce jour plus de 200 mutations ont t impliques comme source de cette pathologie, avec des consquences allant d'une anmie lgre une anmie ncessitant des transfusions et pouvant aller jusqu' la mort nonatale.Un de ces variants est due la mutation ponctuelle G1168A et rsulte en la substitution d'acide amin D390N.Il a t tabli que cette mutation inactivait l'enzyme.Nous avons mis l'hypothse que la substitution d'un aspartate par une asparagine l'interface des interdomaines A/A', dans une poche inaccessible aux solvants, prviendrait la formation d'un pont salin, dstabilisant la structure strique de l'enzyme et rendant ainsi la protine moins stable.Nous avons raliser deux essais diffrents, l'un en utilisant du cycloheximide et l'autre en ralisant un pulse-chase marqu au S-35 afin de dterminer la stabilit de ce mutant comparativement la proteine sauvage.Nous concluons que cette mutation n'affecte nullement la stabilit de cette enzyme.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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