Antibiorésistance et environnement - État et causes possibles de la contamination des milieux en France par les antibiotiques, les bactéries résistantes aux antibiotiques et les supports génétiques de la résistance aux antibiotiques
Notice bibliographique
Résumé
L’antibiorésistance (ABR) est une préoccupation majeure de santé publique, partagée par un très grand nombre d’acteurs de la santé humaine et animale au niveau mondial. Ainsi, dans la lettre de saisine adressée à l’Anses, les ministères en charge de la santé, de l’agriculture et de l’environnement indiquent : « Les antibiotiques ont permis, depuis la généralisation de leur utilisation, en médecine humaine comme en médecine animale, de combattre des maladies bactériennes autrefois difficiles voire impossibles à soigner. Cependant, les mésusages des antibiotiques augmentent inévitablement les risques de sélection de bactéries résistantes dont l’impact en santé publique est majeur. »Face au défi de la dissémination de l’ABR, et sur la base du constat partagé de la nécessité d’agir, de nombreux acteurs internationaux, européens et français mettent en place des actions de lutte ,contre l’ABR. Celles-ci passent par des plans d’actions globaux ou ciblés sur la médecine humaine et/ou vétérinaire, et par la surveillance de l’ABR et/ou de l’utilisation des antibiotiques (ATB).L’ensemble des acteurs s’accorde sur la nécessité de retenir une approche multisectorielle « Un monde, une santé » ou « Une seule santé » (One Health, One World) « particulièrement pertinente dans les domaines […] de la lutte contre la résistance aux ATB » (OMS 2017b). Le concept « Une seule santé » est « utilisé pour décrire le principe selon lequel la santé humaine et la santé animale sont liées entre elles, que l’homme transmet des maladies aux animaux et inversement, de sorte que les mesures de lutte doivent concerner tant l’homme que les animaux. La perspective « Une seule santé » suppose de prendre également en compte l’environnement – autre lien entre l’homme et l’animal –, qui peut lui aussi être une source de nouveaux micro-organismes résistants » (Commission Européenne 2017).Des actions relatives à l’ABR dans l’environnement sont identifiées à chaque niveau de gouvernance : international, européen et national. Cette prise en compte est néanmoins relativement récente, et les actions dans le domaine environnemental constituent, et de loin, le secteur le moins pris en compte dans le cadre des politiques publiques.En France, la question de l’ABR dans l’environnement a été abordée dans le rapport « Tous ensemble, sauvons les ATB », dans la « Feuille de route interministérielle pour maîtriser la résistance bactérienne aux antibiotiques » (Comité interministériel pour la santé 2016) ainsi que dans la « Feuille de route 2015 pour la transition écologique ». Cette dernière a annoncé la présente saisine de l’Anses visant à « objectiver les connaissances relatives naux mécanismes participant au développement de l’antibiorésistance dans l’environnement.L’objectif est de comprendre les mécanismes mis en œuvre dans l’environnement dans l’apparition et la diffusion des résistances bactériennes afin d’orienter les mesures à mettre en place pour limiter l’émergence de nouvelles résistances ». La figure 1 illustre le champ de la saisine dans le cadre global de la circulation de l’ABR entre l’Homme, les animaux et l’environnement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».