Antibiorésistance et environnement - État et causes possibles de la contamination des milieux en France par les antibiotiques, les bactéries résistantes aux antibiotiques et les supports génétiques de la résistance aux antibiotiques
Bibliographic record
Abstract
L’antibiorésistance (ABR) est une préoccupation majeure de santé publique, partagée par un très grand nombre d’acteurs de la santé humaine et animale au niveau mondial. Ainsi, dans la lettre de saisine adressée à l’Anses, les ministères en charge de la santé, de l’agriculture et de l’environnement indiquent : « Les antibiotiques ont permis, depuis la généralisation de leur utilisation, en médecine humaine comme en médecine animale, de combattre des maladies bactériennes autrefois difficiles voire impossibles à soigner. Cependant, les mésusages des antibiotiques augmentent inévitablement les risques de sélection de bactéries résistantes dont l’impact en santé publique est majeur. »Face au défi de la dissémination de l’ABR, et sur la base du constat partagé de la nécessité d’agir, de nombreux acteurs internationaux, européens et français mettent en place des actions de lutte ,contre l’ABR. Celles-ci passent par des plans d’actions globaux ou ciblés sur la médecine humaine et/ou vétérinaire, et par la surveillance de l’ABR et/ou de l’utilisation des antibiotiques (ATB).L’ensemble des acteurs s’accorde sur la nécessité de retenir une approche multisectorielle « Un monde, une santé » ou « Une seule santé » (One Health, One World) « particulièrement pertinente dans les domaines […] de la lutte contre la résistance aux ATB » (OMS 2017b). Le concept « Une seule santé » est « utilisé pour décrire le principe selon lequel la santé humaine et la santé animale sont liées entre elles, que l’homme transmet des maladies aux animaux et inversement, de sorte que les mesures de lutte doivent concerner tant l’homme que les animaux. La perspective « Une seule santé » suppose de prendre également en compte l’environnement – autre lien entre l’homme et l’animal –, qui peut lui aussi être une source de nouveaux micro-organismes résistants » (Commission Européenne 2017).Des actions relatives à l’ABR dans l’environnement sont identifiées à chaque niveau de gouvernance : international, européen et national. Cette prise en compte est néanmoins relativement récente, et les actions dans le domaine environnemental constituent, et de loin, le secteur le moins pris en compte dans le cadre des politiques publiques.En France, la question de l’ABR dans l’environnement a été abordée dans le rapport « Tous ensemble, sauvons les ATB », dans la « Feuille de route interministérielle pour maîtriser la résistance bactérienne aux antibiotiques » (Comité interministériel pour la santé 2016) ainsi que dans la « Feuille de route 2015 pour la transition écologique ». Cette dernière a annoncé la présente saisine de l’Anses visant à « objectiver les connaissances relatives naux mécanismes participant au développement de l’antibiorésistance dans l’environnement.L’objectif est de comprendre les mécanismes mis en œuvre dans l’environnement dans l’apparition et la diffusion des résistances bactériennes afin d’orienter les mesures à mettre en place pour limiter l’émergence de nouvelles résistances ». La figure 1 illustre le champ de la saisine dans le cadre global de la circulation de l’ABR entre l’Homme, les animaux et l’environnement.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.003 | 0.003 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.003 | 0.003 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.002 |
| Scholarly communication | 0.005 | 0.002 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.002 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.005 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".