Isolement et détection des champignons causant le feutrage blanc dans les plantations de sapins du Québec
Notice bibliographique
Résumé
La production des arbres de Noël est considérée comme une activité agricole qui occupe une place importante au sein de la société québécoise. Le sapin de Noël est une culture agricole à part entière, elle représente un marché dynamique et distinct. En effet, le dépérissement et la mort des aiguille, causés par des facteurs biotiques et abiotiques affectent grandement l’aspect esthétique du sapin de Noël et occasionnent des pertes économiques en plantations, les producteurs de sapins de Noël doivent donc affronter l’augmentation de la demande et des exigences des consommateurs en matière d’esthétisme. Le Québec est le plus grand producteur canadien d’arbres de Noël, produisant majoritairement des sapins baumier (Abies balsamea). Les plantations dans cette province sont touchées par une maladie foliaire relativement courante, nommée le feutrage blanc. L’identité de l’agent causal, originellement attribué au champignon Nematostoma parasiticum, a toutefois été remise en question par la communauté scientifique. Le but de ce projet de maitrise était donc d’en apprendre davantage sur la maladie du feutrage blanc, de connaître les méthodes de propagation du feutrage blanc, d’isoler Nematostoma parasiticum des plantations d’arbres du Québec afin de déterminer s’il est l’agent responsable de la maladie. Des échantillonnages bimensuels réguliers d’aiguilles ont été réalisés pendant trois années consécutives, de mai 2019 à la fin d’octobre 2022 chez un producteur d’arbres de Noël à Saint-Hilaire-de-Dorset en Estrie. Ces échantillons proviennent essentiellement d’arbres malades et d’apparence saine ont servi entre autres à l’isolement de champignons afin d’identifier l’agent pathogène. Des aiguilles symptomatiques ont été insérées dans trois milieux de culture, le milieu PDA, le milieu Agar-eau et le milieu Extrait de sapin ont permis l’isolement de champignons ayant des caractéristiques morphologiques différentes. L’amplification PCR de la région ITS et le séquençage des amplicons ont permis l’identification moléculaire de plusieurs isolats ix représentatifs de la communauté fongique de sapin baumier. Le champignon Nematostoma parasiticum n’a toutefois pas été détecté parmi les isolats. La région ITS de Nematostoma parasiticum répertoriée dans les banques de données a permis de développer un outil de diagnostic. Un protocole de PCR a été développé afin de détecter la présence du champignon Nematostoma parasiticum dans les échantillons d’aiguilles de sapin. L’outil a été testé sur l’ADN extrait des aiguilles symptomatiques et asymptomatiques. Nematostoma parasiticum a été détecté chez tous les échantillons d’aiguilles symptomatiques, dans certains échantillons d’aiguilles asymptomatiques provenant d’arbres malades, mais dans aucun arbre sain. Ceci suggère que Nematostoma parasiticum participe au développement de la maladie. Les observations faites au niveau de la parcelle, démontraient que l’incidence et la sévérité de la maladie s’intensifiaient au cours de la saison. La partie des arbres de Noël le plus souvent atteinte comprenait les branches du bas, puis celles du centre de l’arbre, l’incidence au niveau de la couronne étant très faible. Par contre, la sévérité des symptômes était plus élevée au centre des arbres que dans le bas. Les aiguilles de tout âge montraient des symptômes. Nos observations suggèrent également que la transmission de l’agent pathogène se fait par le mycélium des aiguilles âgées vers les plus jeunes et par contact entre des branches saines et des aiguilles malades. Les connaissances acquises avec ce projet de recherche ont servi à développer un outil de détection moléculaire de Nematostoma parasiticum. De plus, le mode de propagation de la maladie qui a été observé permet de suggérer de bonnes pratiques culturales à mettre en place pour diminuer l'incidence de la maladie.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».