Isolement et détection des champignons causant le feutrage blanc dans les plantations de sapins du Québec
Bibliographic record
Abstract
La production des arbres de Noël est considérée comme une activité agricole qui occupe une place importante au sein de la société québécoise. Le sapin de Noël est une culture agricole à part entière, elle représente un marché dynamique et distinct. En effet, le dépérissement et la mort des aiguille, causés par des facteurs biotiques et abiotiques affectent grandement l’aspect esthétique du sapin de Noël et occasionnent des pertes économiques en plantations, les producteurs de sapins de Noël doivent donc affronter l’augmentation de la demande et des exigences des consommateurs en matière d’esthétisme. Le Québec est le plus grand producteur canadien d’arbres de Noël, produisant majoritairement des sapins baumier (Abies balsamea). Les plantations dans cette province sont touchées par une maladie foliaire relativement courante, nommée le feutrage blanc. L’identité de l’agent causal, originellement attribué au champignon Nematostoma parasiticum, a toutefois été remise en question par la communauté scientifique. Le but de ce projet de maitrise était donc d’en apprendre davantage sur la maladie du feutrage blanc, de connaître les méthodes de propagation du feutrage blanc, d’isoler Nematostoma parasiticum des plantations d’arbres du Québec afin de déterminer s’il est l’agent responsable de la maladie. Des échantillonnages bimensuels réguliers d’aiguilles ont été réalisés pendant trois années consécutives, de mai 2019 à la fin d’octobre 2022 chez un producteur d’arbres de Noël à Saint-Hilaire-de-Dorset en Estrie. Ces échantillons proviennent essentiellement d’arbres malades et d’apparence saine ont servi entre autres à l’isolement de champignons afin d’identifier l’agent pathogène. Des aiguilles symptomatiques ont été insérées dans trois milieux de culture, le milieu PDA, le milieu Agar-eau et le milieu Extrait de sapin ont permis l’isolement de champignons ayant des caractéristiques morphologiques différentes. L’amplification PCR de la région ITS et le séquençage des amplicons ont permis l’identification moléculaire de plusieurs isolats ix représentatifs de la communauté fongique de sapin baumier. Le champignon Nematostoma parasiticum n’a toutefois pas été détecté parmi les isolats. La région ITS de Nematostoma parasiticum répertoriée dans les banques de données a permis de développer un outil de diagnostic. Un protocole de PCR a été développé afin de détecter la présence du champignon Nematostoma parasiticum dans les échantillons d’aiguilles de sapin. L’outil a été testé sur l’ADN extrait des aiguilles symptomatiques et asymptomatiques. Nematostoma parasiticum a été détecté chez tous les échantillons d’aiguilles symptomatiques, dans certains échantillons d’aiguilles asymptomatiques provenant d’arbres malades, mais dans aucun arbre sain. Ceci suggère que Nematostoma parasiticum participe au développement de la maladie. Les observations faites au niveau de la parcelle, démontraient que l’incidence et la sévérité de la maladie s’intensifiaient au cours de la saison. La partie des arbres de Noël le plus souvent atteinte comprenait les branches du bas, puis celles du centre de l’arbre, l’incidence au niveau de la couronne étant très faible. Par contre, la sévérité des symptômes était plus élevée au centre des arbres que dans le bas. Les aiguilles de tout âge montraient des symptômes. Nos observations suggèrent également que la transmission de l’agent pathogène se fait par le mycélium des aiguilles âgées vers les plus jeunes et par contact entre des branches saines et des aiguilles malades. Les connaissances acquises avec ce projet de recherche ont servi à développer un outil de détection moléculaire de Nematostoma parasiticum. De plus, le mode de propagation de la maladie qui a été observé permet de suggérer de bonnes pratiques culturales à mettre en place pour diminuer l'incidence de la maladie.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".