Rapid and sensitive detection of viable mycobacteria in bovine faeces and blood by a novel phagomagnetic separation (PhMS)-qPCR assay
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) and Mycobacterium bovis are slow-growing mycobacterial pathogens that cause Johne’s disease (Paratuberculosis) and Bovine Tuberculosis, respectively. The potential of a new Phagomagnetic separation (PhMS)-qPCR assay to detect viable MAP and/or M. bovis in bovine faeces and blood within 24 h was investigated. Following careful optimization of sample preparation protocols, faeces samples (n=376) from calves and adult cattle on several Johne’s affected farms, and blood samples (n=174) from TB skin test reactor and routine slaughter <30 month old cattle collected at point of slaughter, were tested by PhMS-qPCR and culture. Results of faecal testing demonstrate that the novel PhMS-qPCR assay can quickly detect calves or cattle shedding viable MAP, i.e. infectious animals. Results of blood testing revealed that viable MAP and/or M. bovis mycobacteraemias were readily detectable in cattle at slaughter in Northern Ireland, with co-infections (both MAP and M. bovis detected in same blood sample) frequently encountered. Collectively, results indicate that the novel PhMS-qPCR assays may represent new diagnostic tests for Johne’s disease and bovine Tuberculosis in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».