HPV variants in Inuit women from Nunavik, Quebec
Notice bibliographique
Résumé
Background: Inuit communities in Northern Quebec have high rates of human papillomavirus (HPV) infection, cervical cancer, and cervical cancer-related mortality as compared to the Canadian population. High Risk (HR) HPV types can be further classified as intratypic variants based on genetic sequence. Specific sequence differences may affect the time to clear an infection and thus oncogenicity. There is limited information on which intratypic variants are found in circumpolar areas. There is also no previous research on the association between different intratypic variants and infection persistence within Inuit women. Methods: 749 Inuit women between the ages of 15- 69 years from Nunavik had HPV DNA collected along with Pap smear samples opportunistically between the years 2002-2010. HR-HPV samples were sequenced to determine the intratypic variant. The different variants and variant lineages present were described and compared to a similar circumpolar population. Logistic regression and Cox proportional hazards models were used to assess the association between different sequences and infection persistence. Results: There were 187 women that were positive for HPV- 16, 18, 31, 33, 35, 45, 52, 56, or 58 during follow-up. There were 5 different HPV16 variants, all of which of European lineage, amongst the 57 women positive for this type. There were 8 different variants of HPV-18 present and all were of European lineage (n=21). The majority of samples of HPV-31 (n=52) were of lineage B. The age-adjusted hazard rate of clearing an infection was 3.13 times higher (95% CI 1.10-8.97) in individuals infected with non-prototypic HPV-16 samples as compared to those infected with prototypic samples. The opposite association was seen with HPV-52 as prototypic samples were cleared faster than non-prototypic samples after adjusting for age and number of clinic visits. Conclusion: These frequencies are similar to what was seen in another circumpolar region of Canada, although there appears to be less diversity as no non-European variants were present. This study shows that most variants were clustered in one lineage for each HPV type. Intratypic variation may also be used as a predictor of viral clearance for certain HR-HPV types in this population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».