Epidemiology, genetic variance, and symptomology of grapevine viruses in Canada: A metagenomic approach
Notice bibliographique
Résumé
The global grape and wine industry holds plays a significant role in the Canadian economy. However, the spread of grapevine viruses is posing a serious threat to this industry. Two such viruses, Grapevine Pinot gris virus (GPGV) and Grapevine Red Blotch Virus (GRBV), have caused substantial harm in viticulture regions like Italy and the United States, and their presence in Canada has recently been confirmed. Despite this, many epidemiological aspects of these viruses in Canada remain poorly studied. This two-part project seeks to provide novel insights into the epidemiology of GPGV and GRBV. \nThe first part focused on investigating the genomic variance of GPGV in Canada. Researchers obtained the genome of 26 GPGV isolates from the four main grape-growing regions of Canada through high throughput sequencing. Phylogenetic analysis of their genomes revealed that Canadian GPGV is closely related to GPGV isolates in the United States, but distinct from isolates in Europe and Asia. The source of GPGV in Canada was likely a recent import from France, and the majority of Canadian GPGV isolates belong to the asymptomatic clade. \nThe second objective involved monitoring the spread of grapevine viruses by deploying 40 virus-free sentinel vines in two vineyards of different agronomic practices in the Niagara region, both heavily infected with GRBV and GPGV. After 4 months of exposure to the infected vineyards and 11 months in a controlled environment, 46% of surviving sentinel vines were infected with GPGV. No spread of GRBV was observed. GPGV spread faster in the organic vineyard (72% infection rate) compared to the conventional one (5% infection rate). A scan for alternative hosts for grapevine viruses found that all samples from floor covering and perennial plants were free of grapevine viruses, but four out of five wild grape samples harbored GPGV. \nThese findings underscore the importance of rigorous screening of imported plant material to prevent the introduction of grapevine viruses to Canadian vineyards. To safeguard the sustainability and profitability of Canada's grape and wine industry, a reliable local source of virus-free planting material is imperative. Furthermore, vineyard managers should remain vigilant regarding wild grape, which can act as alternative reservoirs for grapevine viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».