A forward genetic screen for Caenorhabditis elegans pharyngeal gland cell defects and characterization of mutagenized strains with a homozygous viable gland cell under migration
Notice bibliographique
Résumé
Caenorhabditis elegans is a powerful genetic tool to study development. The pharynx is a neuromuscular organ of the upper digestive tract used to study how cells regulate their shape and movements during development. In the embryo, a receptor tyrosine kinase-like receptor (ROR), cam-1, is necessary for a single dorsal gland cell to migrate through the pharynx. A mutagenesis screen to isolate factors that may work with cam-1 examined 4,986 haploid genomes and isolated 60 strains with gland cell defects. Snip-SNP mapping placed one strain on the first chromosome, seven strains on the fourth, and one strain on the X chromosome. Complementation crosses and whole genome sequencing identified the LG IV mutations as cwn-2, a Wnt ligand, and ham-1, a storkhead box factor. The mutations on LG I and X require further testing to confirm the causative lesion. ham-1 RNAi in the cam-1 null background suggests that ham-1 and cam-1 function in different genetic pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».