Microbial biodiversity of high Arctic wetland cryosolic soils and development of phylogenetic microarrays for polar applications
Notice bibliographique
Résumé
Cette thèse comprenait deux études : la biodiversité de cryosols arctiques humides et l'examen de deux biopuces à ADN phylogénétiques en utilisant des échantillons environnementaux du grand arctique canadien. La première partie impliquait des analyses dépendantes et indépendantes des conditions de culture pour évaluer la diversité et la structure des communautés microbiennes. Les communautés des couches actives étaient clairement distinctes des communautés du pergélisol dans les profils DGGE, les librairies de clones 16S pour Bactéries et Archaea de même que les énumérations du nombre total de cellules et du nombre de cellules viables. Les résultats ont indiqué de nouveaux aspects des cryosols arctiques humides comparés aux études précédentes de pergélisol. Comparaisons à d'autres pergélisols arctiques et des sols humides tempérés dans les études des clones 16S rDNA démontrent des caractéristiques communes aux communautés adaptes au froid et des sols humides arctiques. La deuxième partie impliquait la comparaison des caractérisations de deux biopuces phylogénétiques (PGMA) à deux librairies de clones de six sites du grand arctique, construites préalablement. Un environnement général PGMA (GE.10) et un PGMA spécifiquement concu pour des cryo-environnements (cryo-PGMA) ont été évalués. Les données combinées, « dual-PGMA », avaient une couverture modérée des taxons des librairies de clones (51%) et ont détecté les genres correspondants des échantillons à un taux relativement bas (26%). Le « dual-PGMA » a démontré sa capacité de reproduire la structure phylogénétique générale de la communauté identifiée dans les librairies de clones et a contribue des détails taxonomiques non trouvés préalablement. Le « dual-PGMA » avait une sensitivité comparable à d'autres plateformes PGMA et a détecté des taxons regroupant 0.6% du total des lib
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».