Molecular epidemiology of chloramphenicol and kanamycin resistance among porcine Escherichia Coli in Ontario
Notice bibliographique
Résumé
The purpose of this study was to examine the frequency and distribution of three chloramphenicol resistance genes ('catA1, cmlA,' and ' floR') among three different populations of porcine 'E. coli ' from Ontario. By comparison to the distribution of three kanamycin resistance genes ('aphA1, aphA2,' and 'aadA'), whose presence is selected for by the use of neomycin, one can attempt to draw conclusions as to why chloramphenicol resistance is still prevalent among pathogenic 'E. coli' isolates in North America 20 years after its ban. The clustering of the antimicrobial resistance and virulence genes ' catA1, sul1, aadA, elt, estB,' and 'astA' on the conjugative plasmid, pRENT-1 may be responsible for this persistence. A detailed characterization of pRENT-1 revealed a mosaic structure, resulting from the recombinations of several plasmids from different origins. pRENT-1 is widespread among porcine ETEC isolates in Ontario and may have emerged in a new O149:H10 clone previously shown to be associated with increased morbidity and mortality in swine populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».