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Enregistrement W7070278752

Outlier detection methods for meta-analyses of site-specific effect estimates from a multi-site network

2023· dissertation· en· W7070278752 sur OpenAlexafffundabout

Notice bibliographique

RevueMspace (University of Manitoba) · 2023
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMachine Learning in Bioinformatics
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésOutlierResidualVariance (accounting)Studentized residualAnomaly detectionStandard deviationEstimationPairwise comparison
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction: Data privacy legislation in Canada prohibits patient-level administrative health data from crossing jurisdictional boundaries. Accordingly, multi-site research networks often conduct distributed analyses and pool site-specific effect estimates (EEs) using meta-analysis models. Rare outcomes and heterogeneity in site-specific EEs can produce potential outliers that may bias pooled EEs. Limited research has compared outlier detection methods and the impact of potential outliers on meta-analysis results. Purpose and Objectives: The research purpose was to examine outlier detection methods for meta-analyses of site-specific EEs from a multi-site network. The objectives were to: 1) compare outlier detection methods for random-effects meta-analysis (REM) models, and 2) apply these methods to site-specific EEs from systematically selected real-world meta-analyses. Methods: We compared studentized residual estimates (StdR), relative change in pooled EE variance (RCPEV), relative change in estimated between-site variance (RCEBV), and model-based mean-shift method (MMS) using computer simulation. EEs were simulated assuming a normal distribution. Accuracy, misclassification error (ME), and F-1 score were assessed using random-effects analysis of variance models. We systematically selected meta-analyses conducted by investigators from the Canadian Network for Observational Drug Effect Studies (CNODES), applied outlier detection methods, and assessed the impact of potential outliers on REM results. Results: StdR had the highest accuracy (median: 89.9%) and lowest ME (median: 10.2%). RCPEV was the most consistent in all metrics. For StdR, the number of sites explained 95.1% and 93.0% of the variation in accuracy and ME values. For RCEBV and MMS, between-site variance described the most variation in accuracy and ME values. StdR and RCPEV were most sensitive to detect potential outliers in re-analyses of 39 published CNODES meta-analyses. Heterogeneity in site-specific EEs was reduced to zero in two-thirds of the meta-analyses when potential outliers were removed, and the precision of pooled EEs increased. Conclusions: StdR and RCPEV outperformed RCEBV and MMS in outlier detection. The number of sites and between-site variance explained the most variation in performance metrics for all methods. Excluding potential outliers from published meta-analyses, substantially reduced heterogeneity in site-specific EEs and increased the precision of pooled EEs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,611
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,052
Tête enseignante GPT0,340
Écart entre enseignants0,288 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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