Relação Ancestral do Clone Endêmico de Pseudomonas aeruginosa produtor de SPM-1: Análise Comparativa entre Eletroforese em Campo Pulsátil e Tipagem por Seqüenciamento de Múltiplos Loci
Notice bibliographique
Résumé
Introducao: No Brasil, a disseminacao de um clone endemico de P. aeruginosa produtor de SPM-1, uma metalo-ƒÀ-lactamase (MƒÀL) codificada por um plasmideo, tem sido frequentemente reportada. Recentemente, uma alta variedade genomica foi observada entre os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1. Assim, os principais objetivos deste trabalho foram realizar a implantacao da metodologia MLST para tipagem molecular destes microrganismos em nosso laboratorio e dessa forma caracterizar a evolucao filogenetica do clone de P. aeruginosa produtor da MƒÀL SPM-1; comparar o poder discriminatorio e a reprodutibilidade desta tecnica com as tecnicas de PFGE e ribotipagem automatizada para tipagem molecular de P. aeruginosa e avaliar a capacidade do MLST de discriminar amostras que foram classificadas sob ribogrupos distintos, mas com padroes de PFGE identicos. Metodos: Um total de 50 amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 foram coletadas de nove centros brasileiros. Tres amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 e duas amostras de P. aeruginosa nao produtoras de MƒÀL foram incluidas no estudo. A tecnica de MLST foi padronizada conforme descrito por Curran et al. As sequencias obtidas foram comparadas com as existentes no banco de dados mundial de MLST para P. aeruginosa (www.pubmlst.org/paeruginosa) para que dessa forma fosse determinado o perfil alelico e, subsequentemente, o tipo de sequencia (ST). Para a analise filogenetica foi utilizado o metodo de Jukes-Cantor e Neighbor-Joining. Um total de cinco STs foram identificadas entre as 55 amostras de P. aeruginosa estudadas. Todos os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1 apresentaram perfil alelico identico e, dessa forma, receberam a mesma ST (ST277), com excessao dse uma amostra proveniente de Belo Horizonte, a qual recebeu a ST235. As tres amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 foram classificadas sob a mesma ST (ST593), enquanto que as amostras nao produtoras de MƒÀL apresentaram perfis alelico ainda nao existentes no banco de dados, e assim, duas novas STs foram criadas para estas amostras (ST594 e ST595). O clone endemico brasileiro de P. aeruginosa produtor de SPM-1 (ST277) mostrou perfil alelico identico ao de uma cepa isolada na Austria (ID 275), em setembro de 2006. Variacao em um unico locus da ST277 foi encontrada em uma amostra proveniente da Austria (ID279), isolada em janeiro 2007. Similaridade entre cinco dos sete alelos foi encontrada entre as amostras deste estudo pertencentes a ST277 e uma amostra isolada no Canada (ID 148), em 1990. Conclusao: Nossos dados sugerem que as amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 descendem de um ancestral comum e que podem possuir relacao ancestral com os isolados da Austria e mais remotamente com a amostra do Canada
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».