Relação Ancestral do Clone Endêmico de Pseudomonas aeruginosa produtor de SPM-1: Análise Comparativa entre Eletroforese em Campo Pulsátil e Tipagem por Seqüenciamento de Múltiplos Loci
Bibliographic record
Abstract
Introducao: No Brasil, a disseminacao de um clone endemico de P. aeruginosa produtor de SPM-1, uma metalo-ƒÀ-lactamase (MƒÀL) codificada por um plasmideo, tem sido frequentemente reportada. Recentemente, uma alta variedade genomica foi observada entre os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1. Assim, os principais objetivos deste trabalho foram realizar a implantacao da metodologia MLST para tipagem molecular destes microrganismos em nosso laboratorio e dessa forma caracterizar a evolucao filogenetica do clone de P. aeruginosa produtor da MƒÀL SPM-1; comparar o poder discriminatorio e a reprodutibilidade desta tecnica com as tecnicas de PFGE e ribotipagem automatizada para tipagem molecular de P. aeruginosa e avaliar a capacidade do MLST de discriminar amostras que foram classificadas sob ribogrupos distintos, mas com padroes de PFGE identicos. Metodos: Um total de 50 amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 foram coletadas de nove centros brasileiros. Tres amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 e duas amostras de P. aeruginosa nao produtoras de MƒÀL foram incluidas no estudo. A tecnica de MLST foi padronizada conforme descrito por Curran et al. As sequencias obtidas foram comparadas com as existentes no banco de dados mundial de MLST para P. aeruginosa (www.pubmlst.org/paeruginosa) para que dessa forma fosse determinado o perfil alelico e, subsequentemente, o tipo de sequencia (ST). Para a analise filogenetica foi utilizado o metodo de Jukes-Cantor e Neighbor-Joining. Um total de cinco STs foram identificadas entre as 55 amostras de P. aeruginosa estudadas. Todos os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1 apresentaram perfil alelico identico e, dessa forma, receberam a mesma ST (ST277), com excessao dse uma amostra proveniente de Belo Horizonte, a qual recebeu a ST235. As tres amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 foram classificadas sob a mesma ST (ST593), enquanto que as amostras nao produtoras de MƒÀL apresentaram perfis alelico ainda nao existentes no banco de dados, e assim, duas novas STs foram criadas para estas amostras (ST594 e ST595). O clone endemico brasileiro de P. aeruginosa produtor de SPM-1 (ST277) mostrou perfil alelico identico ao de uma cepa isolada na Austria (ID 275), em setembro de 2006. Variacao em um unico locus da ST277 foi encontrada em uma amostra proveniente da Austria (ID279), isolada em janeiro 2007. Similaridade entre cinco dos sete alelos foi encontrada entre as amostras deste estudo pertencentes a ST277 e uma amostra isolada no Canada (ID 148), em 1990. Conclusao: Nossos dados sugerem que as amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 descendem de um ancestral comum e que podem possuir relacao ancestral com os isolados da Austria e mais remotamente com a amostra do Canada
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How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.002 |
| Open science | 0.001 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.002 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.000 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".