Study of the carcinogenic potential of the E6 protein of human papillomavirus type 16
Notice bibliographique
Résumé
While most Human papillomavirus (HPV) infections are asymptomatic and self-resolved, high-risk types, such as HPV-16 and HPV-18 are responsible for 99% of cervical cancers worldwide, whereas low-risk types, such as HPV-6 and HPV-11, are responsible for 90% of genital warts. While the different types of HPV and their varying oncogenicities have been studied extensively, it is still not clear what features of a HPV type make it more oncogenic than another. Two aspects which could affect the oncogenicity of HPV were studied: HPV variants and the E6 protein’s interaction with membrane associated guanylate kinase (MAGUK) proteins. Previous studies have shown that some HPV-16 variants may be more oncogenic than others. The first goal of this work was to characterise the HPV-16 variants in a Manitoba cervical cancer sample population to possibly identify mutations which could be associated with an increased risk of developing cervical cancer. Seventy-five samples from different individuals were sequenced in three distinct regions: the long control region and the E6 and E7 open reading frames. The DNA sequences obtained from these genomic regions were then compared between HPV-16 cervical cancer samples and Manitoba HPV-16 non cancer samples to identify any mutations that were exclusive to the cervical cancer samples. No specific mutations in any of the regions could be associated with cervical cancer. It is also proposed that HPV16 E6 protein’s interaction with MAGUK proteins contributes to its oncogenicity since low-risk E6 proteins lack this ability. The second goal of this work was to investigate which regions of high-risk HPV E6 proteins are needed in order to achieve MAGUK protein degradation, more specifically MAGI-1 degradation. Wild-type high-risk HPV16E6, low-risk HPV6E6, as well as mutants, were synthesized and cloned into vectors. In vitro translated proteins were used in MAGI-1 degradation assays. The ability of both wild-type HPV6 and HPV16 E6 proteins to degrade MAGI-1 was confirmed. Based on the performance of the different mutants in these degradation assays, it was determined that the PDZ-binding domain is necessary but not sufficient to induce E6-induced MAGI-1 degradation. In conclusion, it was determined that the entire HPV16 E6 protein is needed for the induction of MAGI-1 degradation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».