Curated and Analysed Historical Barley (Hordeum sps.) Phenotypic Data from seven European genebanks
Notice bibliographique
Résumé
This dataset compiles historical phenotypic records of Barley (Genus: Hordeum) accessions evaluated across multiple years and locations by seven European genebanks participating in the AGENT project. The data originate from long-term evaluation trials conducted under diverse agro-ecological conditions and represent one of the most comprehensive multi-environment phenotypic collections of barley genetic resources in Europe. The dataset includes raw phenotypic data, outlier-corrected data, and best linear unbiased estimates (BLUEs) for a wide range of agro-morphological and developmental traits. Traits typically include, but are not limited to, days to heading (DTH), plant height (PH), thousand kernel weight (TKW), and other agronomic descriptors recorded according to national or genebank-specific descriptors. The outlier-corrected dataset represents cleaned phenotypic data after statistical identification and removal of erroneous values using a mixed-model approach. The BLUE dataset provides adjusted means per accession, accounting for design and replication effects, and serves as a robust input for downstream analyses such as genomic prediction and genotype x environment interaction studies. The author gratefully acknowledges the teams from IPK, INRAE and the CARC genebank for their valuable support and guidance, as well as the collaboration of all AGENT genebanks contributing to this study. References: 1) Bernal-Vasquez, AM., Utz , HF. & Piepho, HP. Outlier detection methods for generalized lattices: a case study on the transition from ANOVA to REML. Theor Appl Genet 129, 787–804 (2016). https://doi.org/10.1007/s00122-016-2666-6 2) Philipp N, Weise S, Oppermann M, Börner A, Graner A, Keilwagen J, Kilian B, Zhao Y, Reif JC and Schulthess AW (2018) Leveraging the Use of Historical Data Gathered During Seed Regeneration of an ex Situ Genebank Collection of Wheat. Front. Plant Sci. 9:609. doi: 10.3389/fpls.2018.00609
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».