RESEARCH ARTICLE Typing ofMycobacterium avium Subspecies paratuberculosis Isolates from Newfoundland Using Fragment Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Short Sequence Repeat (SSR) typing ofMycobacterium avium subspecies paratuberculo-sis (Map) isolates is one of the most commonly used method for genotyping this pathogen. Currently used techniques have challenges in analyzing mononucleotide repeats>15 bp, which include some of theMap SSRs. Fragment analysis is a relatively simple technique, which can accurately measure the size of DNA fragments and can be used to calculate the repeat length of the target SSR loci. In the present study, fragment analysis was used to an-alyze 4Map SSR loci known to provide sufficient discriminatory power to determine the re-lationship betweenMap isolates. Eighty-fiveMap isolates from 18 animals from the island of Newfoundland were successfully genotyped using fragment analysis. To the best of our knowledge, this is the first report onMap SSR diversity from Newfoundland dairy farms. Previously unreportedMap SSR-types or combinations were also identified during the course of the described work. In addition, multipleMap SSR-types were isolated from a sin-gle animal in many cases, which is not a common finding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».