Neuron, Volume 55 Supplemental Data Characterization of Takusan: A Large Gene Family that Regulates Synaptic Activity
Notice bibliographique
Résumé
On postnatal day 15 (P15) total RNA was extracted from whole brain of WT and NR3A KO mice bred on a 129/SVJ background. cDNAs were synthesized from these RNAs, labeled with amino allyl first, then subsequently Cy3 or Cy5. Reversed labeling was also performed to control for dye-specific binding of microarray cDNAs. The labeled cDNAs were hybridized to a mouse cDNA microarray (NIA mouse 15k, Ontario Cancer Institute). Genes whose expression levels were different between the two samples by more than 2-fold were identified and subjected to further characterization including Q-PCR and in situ hybridization. RT Q-PCR Total RNA extracted from brains of NR3A KO or WT mice at postnatal day 15 (P15) was treated with DNase (Ambion) for 30 minutes at 37°C to remove contaminating genomic DNA. The DNase was inactivated and removed according to the manufacture’s protocol. The treated RNAs were then used as templates to generate cDNAs with reverse transcriptase superscript II (Invitrogen) at 37°C for 1 hour. RNAs bonding to the newly synthesized cDNAs were removed by RNase H, and the synthesized cDNAs were ready for the Q-PCR. The primers were designed using a web-base program: Primer 3
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,216 | 0,060 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».