Facteurs de risque associés au statut de troupeau positif à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis
Notice bibliographique
Résumé
La paratuberculose (PTB) est une maladie entérique chronique, contagieuse et incurable qui affecte les ruminants et est causée par Mycobacterium avium ssp paratuberculosis (MAP). Les pertes économiques et l’association entre le MAP et la maladie de Crohn maintiennent un intérêt pour la paratuberculose. Les animaux s’infectent à un jeune âge, principalement par la voie féco-orale. Après une longue période d’incubation (jusqu'à plusieurs années), les vaches débutent l’excrétion fécale de MAP en absence de signes cliniques, perpétuant ainsi l’infection dans le troupeau. Les pratiques de gestion qui limitent l’exposition aux matières fécales contenant le MAP des animaux susceptibles sont plus efficaces pour réduire la prévalence que la simple élimination des animaux positifs. Les objectifs de ce mémoire sont : 1) Examiner et résumer de façon critique la littérature scientifique disponible sur les pratiques de gestion (mesurées à l'aide d'un questionnaire d’analyse de risque) associées au statut du troupeau pour MAP, et 2) identifier l'association entre les pratiques de gestion utilisées et le statut du troupeau pour MAP (déterminé à l'aide de culture bactériologique d'échantillons environnementaux) dans les troupeaux laitiers du Québec. Pour le premier objectif, une revue globale de la littérature a été réalisée. Nous avons inclus des études qui ont évalué les facteurs de risque de PTB en utilisant un questionnaire d'analyse de risque (QAR) et mesuré l'association entre les facteurs de risque et le statut du troupeau pour MAP. Pour le deuxième objectif, une étude cas-témoins a été conçue. Un total de 26 troupeaux où MAP a été isolé d'au moins 1 échantillon environnemental et 91 troupeaux témoins (aucun cas clinique de paratuberculose et négatifs lors de 2 prélèvements environnementaux annuels consécutifs) ont été sélectionnés. Une régression logistique multivariée a été utilisée pour évaluer l'association entre les facteurs de risque sélectionnés et le statut du troupeau pour MAP. En tout, 21 études transversales, 5 études cas-témoins et 3 études longitudinales répondaient aux critères d'inclusion. La taille du troupeau était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 12 (dont 4 avec faible risque de biais (RB)) sur 18, l'introduction de nouveaux animaux était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 10 (dont 4 avec faible RB) sur 24 études, l'histoire de PTB était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 6 (dont 4 à faible RB) sur 13, et la gestion du colostrum et du lait était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 5 (aucun à faible RB) sur 18. Dans les troupeaux laitiers du Québec la taille du troupeau (OR = 1,17; IC à 95%: 1,02-1,33) et la proportion de vaches achetées par année au cours des 5 dernières années (OR = 5,44 IC à 95%: 1,23-23,98) étaient significativement associées à un statut de troupeau MAP positif. Les résultats de ce mémoire fournissent une grande compilation des informations disponibles sur les facteurs de risque associés au statut du troupeau pour MAP et évalués à l'aide d'un QAR. Certains facteurs de risque sont apparemment plus consistants d'une étude à l'autre. Cependant, les résultats doivent être interprétés à la lumière de la qualité et du risque de biais de chaque étude. Les pratiques de gestion visant à empêcher l'introduction de nouveaux animaux dans le troupeau et à réduire le contact des veaux nouveau-nés avec les animaux adultes ou leurs excréments sont des éléments clés pour minimiser l'introduction et la transmission du MAP dans un troupeau. Ces éléments devraient être priorisés dans les programmes de contrôle.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».