Facteurs de risque associés au statut de troupeau positif à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis
Bibliographic record
Abstract
La paratuberculose (PTB) est une maladie entérique chronique, contagieuse et incurable qui affecte les ruminants et est causée par Mycobacterium avium ssp paratuberculosis (MAP). Les pertes économiques et l’association entre le MAP et la maladie de Crohn maintiennent un intérêt pour la paratuberculose. Les animaux s’infectent à un jeune âge, principalement par la voie féco-orale. Après une longue période d’incubation (jusqu'à plusieurs années), les vaches débutent l’excrétion fécale de MAP en absence de signes cliniques, perpétuant ainsi l’infection dans le troupeau. Les pratiques de gestion qui limitent l’exposition aux matières fécales contenant le MAP des animaux susceptibles sont plus efficaces pour réduire la prévalence que la simple élimination des animaux positifs. Les objectifs de ce mémoire sont : 1) Examiner et résumer de façon critique la littérature scientifique disponible sur les pratiques de gestion (mesurées à l'aide d'un questionnaire d’analyse de risque) associées au statut du troupeau pour MAP, et 2) identifier l'association entre les pratiques de gestion utilisées et le statut du troupeau pour MAP (déterminé à l'aide de culture bactériologique d'échantillons environnementaux) dans les troupeaux laitiers du Québec. Pour le premier objectif, une revue globale de la littérature a été réalisée. Nous avons inclus des études qui ont évalué les facteurs de risque de PTB en utilisant un questionnaire d'analyse de risque (QAR) et mesuré l'association entre les facteurs de risque et le statut du troupeau pour MAP. Pour le deuxième objectif, une étude cas-témoins a été conçue. Un total de 26 troupeaux où MAP a été isolé d'au moins 1 échantillon environnemental et 91 troupeaux témoins (aucun cas clinique de paratuberculose et négatifs lors de 2 prélèvements environnementaux annuels consécutifs) ont été sélectionnés. Une régression logistique multivariée a été utilisée pour évaluer l'association entre les facteurs de risque sélectionnés et le statut du troupeau pour MAP. En tout, 21 études transversales, 5 études cas-témoins et 3 études longitudinales répondaient aux critères d'inclusion. La taille du troupeau était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 12 (dont 4 avec faible risque de biais (RB)) sur 18, l'introduction de nouveaux animaux était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 10 (dont 4 avec faible RB) sur 24 études, l'histoire de PTB était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 6 (dont 4 à faible RB) sur 13, et la gestion du colostrum et du lait était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 5 (aucun à faible RB) sur 18. Dans les troupeaux laitiers du Québec la taille du troupeau (OR = 1,17; IC à 95%: 1,02-1,33) et la proportion de vaches achetées par année au cours des 5 dernières années (OR = 5,44 IC à 95%: 1,23-23,98) étaient significativement associées à un statut de troupeau MAP positif. Les résultats de ce mémoire fournissent une grande compilation des informations disponibles sur les facteurs de risque associés au statut du troupeau pour MAP et évalués à l'aide d'un QAR. Certains facteurs de risque sont apparemment plus consistants d'une étude à l'autre. Cependant, les résultats doivent être interprétés à la lumière de la qualité et du risque de biais de chaque étude. Les pratiques de gestion visant à empêcher l'introduction de nouveaux animaux dans le troupeau et à réduire le contact des veaux nouveau-nés avec les animaux adultes ou leurs excréments sont des éléments clés pour minimiser l'introduction et la transmission du MAP dans un troupeau. Ces éléments devraient être priorisés dans les programmes de contrôle.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.006 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.004 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".