Refining the distribution and confirming the phylogenetic relationship of the endangered landlocked harbour seal <i>Phoca vitulina mellonae</i> using environmental DNA
Notice bibliographique
Résumé
The endangered landlocked subspecies of harbour seal Phoca vitulina mellonae, composed of 50–600 individuals, inhabits a wide subarctic lake ecosystem of 700 km 2 in Canada. Its critical habitat was identified and is protected under Canada’s Species at Risk Act. Since 2019, environmental DNA (eDNA) detections are used to increase the subspecies surveying capacity. A probe-based qPCR assay and a metabarcoding assay were developed to enable a sensitive occurrence survey and a mitochondrial DNA diversity survey, respectively. Repeated temporal or spatial eDNA detections with the qPCR assay suggested the subspecies occurrence in waterbodies inside but also outside the critical habitat. Our results also showed that eDNA copy numbers estimated with the qPCR assay are affected by the sampling month and the water volume, and that they correlate negatively with distances from seals. Haplotypes obtained from the metabarcoding assay confirmed the subspecies’ distinct clade in P. vitulina’s global diversity. The network of samplers and the eDNA detection results underscore the role of eDNA survey in improving endangered marine mammal distribution characterization in areas with limited accessibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».