Pleiotropic Effects on Tachyzoite and Host Cell Proteomes in Knock-Out Clones of the Open Reading Frames 297720 and 319730 Constitutively Expressed in T. gondii ShSp1 Tachyzoites.
Notice bibliographique
Résumé
Toxoplasma gondii, the causative agent of toxoplasmosis widespread in animals and humans, is an intracellular apicomplexan protozoan parasite infecting a variety of host cells. Gene editing using CRISPR-Cas9 has become a standard tool to investigate the molecular genetics of this interaction. With respect to gene knock-out (KO) studies, the general paradigm implies that the gene of interest is expressed in the wildtype and that only the gene of interest is affected by the knock-out. Consequently, the observed phenotype depends on the presence or absence of genes of interest. To challenge this paradigm, we knocked out two open reading frames (ORFs) constitutively expressed in T. gondii ShSp1 tachyzoites, but not essential, namely ORF 297720 encoding a trehalose-6-phosphatase homolog and ORF 319730 encoding a You2 C2C2 zinc finger homolog. We analyzed the proteomes of tachyzoites isolated at a late stage of infection, as well as intracellular tachyzoites and host cells at an early stage of infection. The intended KO proteins were present in the T. gondii Sp1 wildtype but absent in the KO clones. Moreover, besides differentially expressed (DE) proteins specific to each KO, 17 DE proteins common to both KOs were identified in isolated tachyzoites and 39 in intracellular tachyzoites. Moreover, 76 common DE proteins were identified in host cells. Network and enrichment analyses showed that these proteins were functionally related to antiviral defense mechanisms. These results indicate that the KO of a gene of interest may not only affect the expression of other genes of the target organism, which in our case is T. gondii, but also the gene expression of its host cells. Therefore, phenotypes of KO strains may not be causally related to the KO of a given gene. Overall, this study highlights that genetic manipulation in T. gondii can lead to system-wide proteomic shifts in both parasite and host, emphasizing the need for cautious interpretation of knock-out-based functional analyses.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».