Microbial diversity and antimicrobial resistance from air and manure of layer chicken barns
Notice bibliographique
Résumé
Poultry housing environment has vast variety of microbial communities and antimicrobial resistance genes (ARGs), which can be a serious public health concern in addition to their impact on the health of birds. Previous studies conducted elsewhere have demonstrated the metagenomic insights of resistome in poultry farm dust and ARGs against multiple antibiotics were predominantly recorded. Poultry litter and manure are spread in agriculture fields as fertilizer, which may pose a risk to environment and human and animal health. The thesis work was aimed at investigating the microbiome and resistome in air and manure of layer chicken barns across Alberta. Additionally, the host tracking of ARGs and the phenotypic and genotypic antimicrobial resistance profiling of non aureus Staphylococcus species (NASS) were conducted. The sampling was carried out in 15 (cage and floor housed layer chicken) barns across Alberta during 2022-24 and processed the samples by shotgun metagenomics for microbiome and resistome characterization, and whole genome sequencing of isolated bacterial colonies (NASS). Bacillota, Actinomycetota and Pseudomonadota were most relatively abundant phyla in study samples. Analysis of ARGs indicated that resistance was mainly for tetracyclines, aminoglycosides and lacosamide classes of antibiotics. A total of 113 unique ARG subtypes from 19 classes of antimicrobials were identified in air, while 166 unique ARG subtypes were discovered in manure samples. A total of 251 high quality MAGs were extracted from sequences including 249 bacterial and 2 archaeal genomes. Interestingly, 22 bacterial MAGs were not classified to species levels and were potentially the unique and novel taxa. ARGs were mainly harbored by Staphylococcus, Alistepes, Romboutsia, and Enterococcus species. Seven Staphylococcus equorum, 5 Staphylococcus shinii, 1 Staphylococcus pseudoxylosus, 1 Staphylococcus cohnii, and 1 Staphylococcus gallinarum isolates were confirmed and identified by WGS and comparative genomic analysis. This study provides a strong argument for the need for policy change regarding treatment of litter and manure prior to application on agriculture land in Alberta. Presence of potential opportunistic and pathogenic microorganisms and ARGs in poultry barn bioaerosols and litter can be a serious One Health concern.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».