HyperdCas12a-based multiplexed genetic regulation in <i>Candida albicans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Complex microbial phenotypes involve the combined activity of diverse gene regulatory networks. However, the majority of reverse genetics approaches in microbial pathogenesis research have focused on single-gene perturbation studies, in part due to the lack of available genetic tools in many pathogens. Developing enhanced versions of CRISPR-Cas platforms holds significant promise for improving the scalability of microbial functional genomics research. Here, we demonstrate highly efficient, inducible, and multiplexed activation and repression in the major human fungal pathogen Candida albicans by translating the hyperdCas12a variant to the fungal kingdom. This represents the first application of a CRISPR-Cas12 system in a human fungal pathogen. We profile the effectiveness of our new CRISPR activation and CRISPR interference tools and achieve tunable levels of target modulation. Further, we demonstrate that perturbing combinations of genes in the drug efflux and ergosterol biosynthesis pathways reveals important redundancies and synergistic properties in drug resistance circuitry. Our hyperdCas12a platform is thus an efficient system for the rapid generation of combinatorial mutants that will enable the mechanistic understanding of genetic interactions involved in diverse phenotypes in C. albicans. The enhanced activity with hyperdCas12a in fungi suggests it could be translated to other microbes as a powerful tool for studying genetic interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».