The plant circadian clock exerts stronger control over the diel proteome than the transcriptome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The plant circadian clock is a genetic circuit composed of multiple mutually-regulating transcription factors that together synchronize internal biological rhythms to the ∼24-hour period of planetary rotation. While it has been known for over a decade that nearly 40% of the transcriptome in the model plant Arabidopsis oscillates with a circadian rhythm, it is yet unclear to what extent this translates to the proteome. Here, through parallel quantitative proteome and transcriptome time-course profiling of Arabidopsis wild-type plants and a panel of clock deficient plant lines, we show that specific clock genes exercise extensive control over diel proteome rhythmicity, and to a much greater extent than they do the transcriptome. This control results in a clock-dependent synchronization of rhythmic proteins along a bimodal phase distribution that is lost in circadian clock deficient plants. This suggests pervasive post-translational control of gene expression by specific elements of the circadian system, notably the morning expressed LHY/CCA1 module. Our findings imply that the circadian clock exercises much greater control of gene expression through proteostasis mechanisms than previously recognised, necessitating a recalibration of our current understanding of clock proteins as primarily transcriptional regulators.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».