The Influence of Variation in Hexanucleotide Repeat Number in the 5’ Untranslated Region of Cytochrome C Oxidase Subunit 7A1 on the Development of Cognitive Impairment
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Cognitive decline is a feature seen with aging and is accelerated in Alzheimer's disease (AD). Mitochondrial dysfunction is also a feature of both aging and AD. A previous study identified a common hexanucleotide (AGCCCC) variant in the 5' untranslated (5' UTR) region of the Cytochrome C Oxidase Subunit 7A1 (COX7A1) gene through Sanger sequencing in a region of the genome not amenable to short read sequencing. The 5' UTR is upstream of the promoter and is known to impact translational regulation in vitro. In order to assess if this variation has an impact on cognition in vivo in humans, a cross-section of older individuals at risk for decline was sequenced. METHOD: Nuclear DNA samples were obtained from a cross-sectional cohort (N = 296) of individuals aged 65-85 from the National Centralized Repository for Alzheimer's Disease and Related Dementias (NCRAD). Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) was performed on the 5' UTR of COX7A1. Sanger sequencing was performed on a subset of samples to confirm variant length. Fragment analysis was performed on all samples and analyzed in GeneMapper to categorize the number of UTR repeats on each chromosome. Cognitive (MoCA z-score) and demographic (sex, age, education, and APOE status) data were obtained from corresponding participants from the National Alzheimer's Coordinating Center (NACC). Analysis of variance (ANOVA) was performed. APOE e2 carriers were excluded from analysis. The dependent variable was the Montreal Cognitive Assessment z-score (MoCA z-score) and independent variables were APOE status (APOE e4 carrier vs non-carrier) and dichotomized COX7A1 UTR hexanucleotide repeat number (high repeat number and low repeat number). RESULT: Both APOE carrier status and COX7A1 UTR hexanucleotide repeat number were found to result in a statistically significant difference in MoCA z-score. CONCLUSION: In a small cross-sectional cohort (N = 296) aged 65-85 increased hexanucleotide repeat number in the 5' UTR of COX7A1 appears to negatively impact global cognition (MoCA z-score). Larger, prospective follow-up studies paired with neurodegenerative biomarkers will need to be performed to assess if this association is secondary to aging, AD neuropathological change, or other associated pathology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».