Selection and characterization of a DNA aptamer for Patulin and its application in a label-free fluorescence assay for fruit juices
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Patulin (PTL, 154 Da) is a small molecule toxin produced as a mold metabolite. PTL is unstable in animals and is quickly converted to its metabolites. Thus, few successful antibodies were reported even after extensive efforts in hapten design. In this work, a library immobilization strategy was used to obtain DNA aptamers for PTL, where exposure of PTL to live animals or cells is no longer needed. After 20 rounds of selection, the most abundant aptamer named PTL-1 has a dissociation constant ( K d ) of 12.5 μM based on isothermal titration calorimetry and 18.4 μM based on thioflavin T (ThT) fluorescence spectroscopy. PTL-1 has excellent selectivity against nine other antibiotics. Compared to previously reported aptamers for PTL, PTL-1 is either shorter or has higher affinity. A label-free ThT fluorescence assay based on PTL-1 was developed, which has a detection limit of 0.2 μM (detection range 0.2–20 μM) for PTL in fruit juices. The PTL-1 aptamer shows resistance to matrix interference and can be applied to the rapid detection of PTL in a blended juice. This study is a nice demonstration of selecting aptamers for a target molecule difficult for the production of antibodies. Graphical Abstract
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».