Aporocotyle simplex fluke from the flounder Hippoglossoides platessoides in Svalbard.
Notice bibliographique
Résumé
In my bachelor thesis I studied trematodes from plaice Hippoglossoides platessoides obtained during expeditions to Svalbard in 2014 and 2018. My goal was morphological and molecular processing of the obtained material, which allowed me to confirm the identification of the flukes as Aporocotyle simplex Odhner, 1900. Aporocotyle simplex is a common parasite of plaice, ocurring mainly in Hippoglossoides platessoides, but also in Limanda limanda and Pleuronectes platessa. The species A. simplex is geographically distributed in the Gulf of St. Lawrence in Canada, off the west coast of Sweden, in the Barents Sea and Bering Sea, off the coast of Kamchatka and Greenland. My results showed that the species A. simplex is widespread in Svalbard. In the practical part, I dealt with methods that helped me to identify the studied specimens. I observed the trematode tegumental surface with aid of a scanning electrom microscope (JEOL JSM-7401F). The trematode internal organs were stained with Mayer-Schuberg carmine, which allowed me to observe and draw the mounted specimens using a light microscope (Olympus BX51) equipped with a drawing attachment. Furthermore, for molecular analysis, the DNA was isolated using the commercial Exgene Tissue SV mini kit (GeneAll). The isolated DNA (the gene for the large ribosomal subunit, 28S rRNA) was amplified by PCR, the obtained PCR products were sequenced on an automated sequencer (ABI Prism 3130xl or 3730xl, by SEQme). The newly acquired sequences (three in total) were aligned in the program Geneious 8.0.5with sequences available from GenBank (64 sequences). Phylogenetic analysis of the species relationships within the family Aporocotylidae was performed using the Maximum Likelihood method with TPM2u + F + G4 used as the best model. Aporocotyle simplex falls into a separate branch together with A. michaudi, from which however, it differs substantially by its morphology (distribution of tegumental spines on body and their number in the clusters, number of testes, ratio of esophagus length to body length) and geographical distribution (A. michaudi occurs in the South Atlantic Ocean).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».