SS-VIME: Single-Source Virome-Microbiome Extraction Protocol v1
Notice bibliographique
Résumé
SS-VIME: Single-Source Virome-Microbiome Extraction Protocol For simultaneous profiling of viral, bacterial, and fungal communities from a single soil sample Naser Poursalavati, PhD Candidate in Soil Virology This extended cellulose column chromatography protocol represents an advancement based on our previous methods developed for soil samples: an improved total nucleic acids extraction technique [1] and a method for capturing double-stranded RNA (dsRNA) from soil extracts using cellulose column chromatography [2]. The latter was subsequently adapted for use in other media, such as fungal mycelium and plant tissues [3-5]. This updated protocol now captures not only dsRNA but also other microbiome components from a single sample, enabling simultaneous profiling of both the virome and other microbiome members. The DNA component has been successfully used to capture bacterial and fungal profiles, with potential to include other members like arbuscular mycorrhizal fungi (AMF). RNA can also be recovered separately using this method, making it suitable for evaluating functional aspects of the soil microbiome. This protocol is highly cost-effective, while providing excellent yield. For the first time, it allows the capture of both DNA and dsRNA in a unified process, offering a comprehensive view of the soil’s viral and microbial communities. Note: The associated manuscript, titled"SS-VIME: A Single-Source Virome-Microbiome Extraction Protocol Toward Comprehensive Soil Community Analysis" has been accepted for publication in Microbiology Spectrum. Until the manuscript DOI is available, please cite this protocol using its protocols.io DOI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».