Do populations of Sclerotinia sclerotiorum across temperate and subtropical areas of the Americas share a common history?
Notice bibliographique
Résumé
Isolates of S. sclerotiorum from lettuce, peanut and soybean in South America (SA) were compared with samples from lettuce from California (CA) and Ontario (total 640 isolates). Recombination over the entire population history in SA and CA was evidenced by high diversity, lack of association of markers, and net-like coalescent genealogies of DNA sequences from two loci. In contrast, Ontario samples, like previous samples from North America (NA), Europe and New Zealand, were less diverse and highly clonal, with association of independent markers and little contemporary recombination. All isolates from NA and SA were homothallic; each isolate had both mating type loci. Two new populations were identified, one comprising samples from peanut and lettuce in SA and lettuce in CA and the second comprising samples from lettuce, tomato and eggplant from SA. The coalescent analysis of a combined dataset of the samples in this study and samples from North Carolina, New York, Louisiana, Alberta and Norway from a previous study supported a genealogy with the haplotype with the longest coalescence to the most recent common ancestor from NA samples (North Carolina and Alberta), followed by a haplotype from the SA-California population. Our preferred hypothesis for the origin of the species in the Americas is two introductions, one via Northern European human immigration to NA and the other via Southern European immigration to SA. We suggest that S. sclerotiorum was introduced to California from SA during the Gold Rush, ca. 1850. But where did the species originate? If the species evolved in the Old World, for example in Asia, introduction from Asia to NA or SA is possible, perhaps via Europe. A more ancient, alternative hypothesis is origin of the species in the Americas, with escape from Pleistocene refugia in both the Northern and Southern Hemisphere. This hypothesis is consistent with the relationship of the two oldest haplotypes to the boundaries of Pleistocene glaciation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».