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Enregistrement W7132877778

Structural Studies of Histone H3K36 Methyltransferase NSD1 and CRL2 Substrate Receptors FEM1B/C

2023· dissertation· W7132877778 sur OpenAlexfundno aff
Ksenia Providokhina

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2023
Typedissertation
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésMethyltransferaseTransferaseHistoneArginineUbiquitin ligaseNucleosomeMethylationSubstrate (aquarium)Histone methyltransferase
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

NSD1 is a histone methyltransferase that adds one or two methyl groups to H3K36. Mutations of NSD1 result in Soto’s Syndrome, a neurological disease. FEM1B and FEM1C, substrate receptors of ubiquitin ligase CRL2, specifically recognize proteins with an arginine residue at their C-termini. Dysfunction leads to diseases like Alzheimer’s or ALS. To better understand the disease implications of these proteins, this thesis aims to determine the protein structures of the NSD1 variants (Y1869C/T1927A) and FEM1B/FEM1C in complex with their inhibitors, H3K36M or EN106, respectively. Two crystal structures, NSD1(Y1869C) (PDB 8FBG) and NSD1(T1927A) (PDB 8FBH), have been obtained, which contain the cofactor SAM but not H3K36M. The FEM1B(aa 1-356) and FEM1C(aa 1-244) structures have also been reproduced, but lack the presence of EN106. In the future, the wild-type or mutated nucleosome will be used as substrates in the NSD1 co-crystallization, and more potent FEM1B/C inhibitors would be identified to facilitate co-crystallization.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,025

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,392
Écart entre enseignants0,362 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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Résumé présentoui

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