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Enregistrement W7132920470

Detection of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator ∆F508 Gene Mutation Using a Paper-Based Nucleic Acid Hybridization Assay and a Smartphone Camera

2018· dissertation· W7132920470 sur OpenAlexaff
Karan Malhotra

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2018
Typedissertation
Langue
DomaineEngineering
ThématiqueBiosensors and Analytical Detection
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésOligonucleotideFluorophoreMutantIn situ hybridizationNucleic acid thermodynamicsNucleic acidMutationCystic fibrosis transmembrane conductance regulator
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Diagnostic technology that utilizes paper substrates and device cameras offers opportunities for development of cost effective point-of-care technologies. The translation of assays operating in aqueous solution require further development for implementation in paper substrates. This report presents and compares two methods for determination of oligonucleotides that serve as indicators of Cystic Fibrosis, differentiating wild type and mutant type sequences containing a 3-base deletion. The transduction strategy operates by selective hybridization of dye-labelled oligonucleotides (target or reporters) to capture probes immobilized on quantum dots, and hybridization results in emission of dyes via resonance energy transfer. Detection is based on hybridization of fluorophore labelled target, or hybridization of unlabelled target and labelled reporter in a sandwich assay format. Selectivity to determine mismatched sequences required control of stringency conditions using formamide as a chaotrope. It was determined that both formats can distinguish between wild type and mutant type samples on paper substrates.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,419
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
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Résumé présentoui

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