Validating SCAP as a Therapeutic Target for Colorectal Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer-related deaths worldwide with an increased prevalence in adults below 50 years old, highlighting the need to develop more therapeutic options. Data mining from genome-wide dropout screens revealed the essentiality of sterol regulatory element binding protein cleavage activating protein (SCAP) on the proliferation of CRC cell lines. In this study, we demonstrate that SCAP knockdown leads to marked antiproliferation, with variability in the phenotypic strength across the CRC cell lines tested. SCAP knockdown reduced mRNA expression of its transcription factor binding partners SREBP1/2, and their transcriptional target genes, primarily impacting lipid homeostasis. SCAP knockdown induced autophagy and multiple cell-specific disruptions in cell cycle progression, which preceded caspase-independent cell death. Global metabolic profiling was performed to further characterize the growth suppressive mechanism and uncovered significant metabolic perturbations in multiple pathways. A profound shift was observed in lipid pathways including cholesterol and monounsaturated fatty acid (FA) synthesis. The decrease in FA synthesis affected downstream derivatives, diverting most of the remaining FAs towards phosphatidylcholine and decreasing acyl-carnitine formation. Furthermore, nicotinamide and polyamine metabolism were greatly affected, resulting in significantly elevated metabolites, notably 1-methylnicotinamide, acetylated spermidine, and spermine.Despite challenges, we successfully expressed and purified the full-length human SCAP and its WDR domain. While cells do not favor overexpressing full-length SCAP, we found that the membrane fraction was the most productive for isolating SCAP with a mild detergent buffer (2% DDM+ 0.4% CHS). For the WDR domain we further optimized our expression constructs to shorten the flexible loops and greatly improve the purification quality and protein solubility. Although crystal screening of the WDR domain has been unsuccessful so far, the protein behavior is promising, and more screening conditions will be explored. Our findings underscore the significance of SCAP in CRC cell proliferation, suggesting that targeting SCAP could offer a promising therapeutic intervention for CRC. Additionally, this work provides the starting ground to determine the crystal structure of SCAP, by establishing a robust and stable recombinant protein for future crystallography efforts, and small molecule screening, which are critical for a future drug discovery effort.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».